Estimasi Diversitas Kekayaan Ikan Menggunakan Metabarcoding eDNA di Kawasan Timur Pulau Sangiang

Abstract

Pulau Sangiang memiliki keanekaragaman hayati tinggi baik darat dan laut. Kawasan timur Pulau Sangiang, Legon Bajo dan Legon Waru merupakan wilayah kegiatan rehabilitasi. Adanya kegiatan tersebut mengakibatkan perubahan pada komunitas ikan di wilayah perairan sehingga sulit dideteksi secara langsung. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengestimasi kekayaan ikan di perairan Legon Bajo dan Legon Waru menggunakan metabarcoding eDNA. Metode eDNA berlandaskan organisme akuatik akan melepaskan materi genetik melalui urine, fases, atau potongan tubuh yang dapat diurai menjadi ukuran yang lebih kecil dan mengendap dilingkungan. Proses ekstraksi sampel mengacu pada prosedur kit ektraksi Geneaid gSYNCTM DNA, dan amplifikasi DNA menggunakan primer Ac12s-F dan primer Ac12s-R. Sebanyak ~100.000 paired-end sekuens didapatkan dari hasil pembacaan sampel di dua lokasi kajian. Sekuens yang di dapat dari masing-masing area dianalisis menggunakan QIIME 2 sehingga memperoleh ~3.000 Operational Taxonomic Units (OTUs), hanya 150 OTUs yang teridentifikasi sebagai ikan. Total 52 spesies dari 41 famili berhasil didapatkan dari Legon Bajo dan Legon Waru didapatkan sebanyak 2 spesies dari 2 famili berbeda. Adanya perbedaan jumlah deteksi yang diperoleh berkaitan dengan kondisi oseanografi dan jenis primer yang digunakan. Sehingga di penelitian selanjutnya diharapkan dapat memperhatikan jenis primer yang sesuai dengan target.