Analisis In Silico Senyawa Golongan Fenolik Sebagai Inhibitor Enzim 3Cl Protease SARS-CoV-2 Asal Pasien Indonesia

Abstract

Coronavirus disease (COVID-19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh SARS-CoV-2. 3Clpro adalah enzim yang memiliki peran utama dalam proses replikasi SARS-CoV-2. Analisis in silico dengan menggunakan 3Clpro asal genom pasien Indonesia sebagai reseptor belum pernah dilakukan sebelumnya. Senyawa fenolik yang memiliki peran sebagai antivirus diduga berpotensi dalam menghambat kerja 3Clpro. Penelitian ini bertujuan menapis 166 senyawa fenolik dan turunannya yang memiliki potensi terbaik dalam menginhibisi 3Clpro (EPI_ISL_576383) menggunakan metode penapisan virtual melalui analisis ΔG, bioavaibilitas dan toksistas ligan, serta visualisasi 2D dan 3D. Bioavaibilitas ligan diprediksi berdasarkan aturan Lipinski. Prediksi toksisitas ligan menggunakan Toxtree dengan parameter Cramer rule. Diperoleh 8 senyawa terbaik dalam menginhibisi 3Clpro yang memiliki potensi sebagai obat COVID-19. Baicalin, quercetagetin, gossypetin, quercitrin, taxifolin, butein, chlorogenic acid, dan catechin hydrate dapat menghambat 3Clpro dengan berikatan hidrogen pada sisi aktif. Senyawa aktif baicalin menjadi ligan terbaik dengan ΔG -8.9 kkal/mol dan berinteraksi dengan sepuluh residu 3Clpro SARS-CoV-2 (EPI_ISL_576383).