Produksi Jeruk Siam di Sumatera Utara dan Penyakit Kanker Bakteri Serta Simulasi Identifikasi In Silico Xanthomonas citri pv. citri

Abstract

Jeruk Siam manis adalah tanaman buah penting di Indonesia. Salah satu penghasil utama jeruk tersebut adalah Provinsi Sumatera Utara dengan sentra produksi terbesar di Kabupaten Karo. Kanker jeruk adalah salah satu penyakit yang dapat menyebabkan kerugian hasil yang besar. Pengendalian yang tepat penyakit ini harus didasarkan pada diagnosis yang akurat. Identifikasi bakteri patogen yang cukup sulit dan lama jika berdasarkan gejala dan pengujian konvensional, dapat dibantu dengan teknik molekuler yang lebih sensitif, akurat dan singkat. Tugas akhir ini untuk menggambarkan produksi dan produktivitas jeruk di Provinsi Sumatera Utara, keadaan penyakit kanker jeruk dan cara budidayanya di Kabupaten Karo dan Batubara, serta simulasi identifikasi bakteri penyebab kanker menggunakan teknik PCR-sequencing secara in silico. Produksi jeruk Provinsi Sumatera Utara berfluktuasi dan mengalami penurunan yang signifikan selama dasawarsa terakhir, dari peringkat pertama pada tahun 2010 ke peringkat ke-3 pada tahun 2020 di bawah provinsi Jawa Timur dan Bali. Produktivitas jeruk di pertanaman petani responden dataran tinggi Karo lebih baik daripada petani dataran rendah Kabupaten Batubara. Kejadian penyakit kanker mencapai 100% baik di lokasi observasi Karo maupun Batubara dengan tingkat severita masing-masing 46,8% dan 59,6%. Simulasi identifikasi molekuler bakteri patogen kanker jeruk dari Bogor berdasarkan urutan nukleotida gen 16S rRNA menunjukkan identitas sebagai Xanthomonas citri pv. citri dengan homologi >99% dengan banyak isolat dari beberapa negara. Isolat Bogor tersebut memiliki hubungan filogenetik yang lebih dekat dengan isolat dari Thailand dan India dibandingkan dengan isolat dari negara lain seperti Arab Saudi, Selandia Baru, China, Amerika Serikat dan Belgia.