Analisis Transkriptomik Daun Dryobalanops aromatica dan Dryobalanops lanceolata Penghasil Minyak

Abstract

Dryobalanops aromatica dan Dryobalanops lanceolata dikelompokkan menjadi pohon serbaguna penghasil hasil hutan bukan kayu (HHBK) seperti damar dari batang dan minyak dari daunnya. Pengetahuan tentang mekanisme produksi minyak pada daun D. aromatica dan D. lanceolata pada tingkat molekuler masih terbatas sehingga dapat bermanfaat untuk penelitian genomik dan transkriptomik lebih lanjut. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis transkriptomik dan mengidentifikasi ekspresi gen yang terlibat dalam produksi minyak kamper berdasarkan RNA Sequencing (RNA-seq). Analisis transkriptome dilakukan dengan RNA-seq, pemeriksaan kualitas reads, de novo assembly, dan functional annotation. Hasil penelitian menunjukkan bahwa total clean reads mencapai 26,4 juta untuk D. aromatica dan 26,9 juta untuk daun D. lanceolata. Assembler trinity menghasilkan jumlah contigs sebesar 98.369 untuk D. aromatica dan 108.009 contigs dari D. lanceolata. Berdasarkan analisis gene ontology dari kategori fungsi molekular, komponen selular dan proses biologis secara berturut-turut didominasi gen yang berperan dalam pengikatan protein, komponen integral membran, dan transpor transmembran terekspresikan lebih tinggi dibandingkan dengan gen lain yang teridentifikasi. Faktor transkripsi monotorpen pada hasil anotasi yang ditemukan antara lain: AP2/ERF, bHLH, bZIP, MYB, dan WRKY.