Keragaman SNP c.957A>C Gen PLAG1 dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan Sapi Bali

Abstract

Salah satu upaya yang dapat dilakukan untuk meningkatkan mutu genetik pada sapi bali adalah dengan menerapkan metode seleksi berbasis teknologi molekuler DNA. Gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) adalah salah satu gen yang berpengaruh pada sifat pertumbuhan sapi. Gen PLAG1 terletak pada kromosom 14 dan memiliki 2 ekson dan 1 intron yang tersusun dari 2422 bp. Informasi terkait karakteristik gen PLAG1 single nucleotide polymorphism (SNP) c.957A>C pada sapi bali dan pengaruhnya terhadap sifat pertumbuhan masih sangat terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk menganalisis keragaman SNP c.957A>C gen PLAG1 dan asosiasinya dengan sifat pertumbuhan dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Penelitian ini juga menggunakan sapi peranakan ongole (PO), madura, belgian blue (BB), dan limousin digunakan sebagai pembanding. Jumlah sampel darah sapi yang digunakan dalam penelitian ini sebanyak 120 sampel yang terdiri dari sapi bali sebanyak 52 ekor yang berasal dari Balai Besar Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak (BPTU-HPT) Denpasar. Sampel darah sapi bali ini diambil pada bulan Juli 2019. Sapi PO sebanyak 10 ekor yang diambil dari Balai Embrio Ternak (BET) Cipelang, Bogor pada November 2019 dan sebanyak 10 ekor diambil dari Village Breeding Centre (VBC) Kebumen pada tahun 2011. Sapi madura sebanyak 30 ekor yang diambil di VBC Pulau Sapudi dari bulan Juli 2013. Sapi BB sebanyak 10 ekor dan sapi limousin sebanyak 8 ekor yang diambil dari BPTU-HPT Padang Mangatas pada Agustus 2019. Data sifat Pertumbuhan sapi bali yang diperoleh dari BPTU-HPT Denpasar di Pulau Bali selanjutnya dikoreksi berdasarkan umur dan sistem pemeliharaan. Keragaman gen PLAG1|TaqI SNP c.957A>C selanjutnya dianalisis dengan menggunakan program PopGen 1.32. Hubungan antara keragaman genotipe gen PLAG1 dengan sifat pertumbuhan sapi bali dianalisis dengan menggunakan uji-t. Amplifikasi SNP c.957A>C gen PLAG1 berhasil dilakukan pada suhu 52 oC dengan panjang produk 744 bp. Genotipe yang ditemukan adalah genotipe homozigot (AA dan CC) dan genotipe heterozigot (AC) dengan frekuensi alel A dan C masing masing sebesar 0,10 dan 0,90 pada sapi bali. Frekuensi alel A dan C pada sapi madura sebesar 0,70 dan 0,30, sedangkan pada sapi PO, BB, dan limousin gen PLAG1|TaqI SNP c.957A>C bersifat monomorfik. Frekuensi alel pada sapi bali dan madura berada dalam keadaan equilibrium dengan frekuensi alel tertinggi adalah alel C pada sapi bali. Alel C diduga merupakan alel spesifik pada sapi bali. Genotipe PLAG1 SNP c.957A>C pada sapi bali tidak berasosiasi (P>0,05) dengan sifat pertumbuhan.

Bali cattle productivity could be improve by applying a selection method based on DNA molecular technology. The Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) is one of the genes that affect the growth traits of cattle. The PLAG1 gene is located on chromosome 14 and has 2 exons and 1 intron composed of 2422 bp. Information regarding the characteristics of the PLAG1 gene single nucleotide polymorphism (SNP) c.957A>C in Bali cattle and its effect on growth characteristics is very limited. Therefore, this study was conducted to analyze the polymorphism of the SNP c.957A>C of the PLAG1 gene and its association with growth traits using the Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) method. This study also used Ongole (PO), Madura, Belgian Blue (BB), and Limousine cattle as comparisons. The number of whole blood samples used in this study were 120 samples consisting of 52 Bali cattle from the Denpasar Superior Cattle Breeding and Forage Feeding Center (BPTU-HPT). Bali cattle blood sample was taken in July 2019. 10 PO cattle taken from the Embryo Transfer Center (BET) Cipelang, Bogor in November 2019 and 10 heads taken from the Kebumen Village Breeding Center (VBC) in 2011. 30 Madura cattle taken from Sapudi Island VBC in July 2013. 10 BB cattle and 8 Limousine cattle taken from BPTU-HPT Padang Mangatas in August 2019. The growth traits data for Bali cattle obtained from BPTU-HPT Denpasar on the island of Bali were then corrected based on age and rearing system. The polymorphism of the PLAG1|TaqI SNP c.957A>C gene was then analyzed using the PopGen 1.32 program. The relationship between the genetic polymorphism of the PLAG1 gene and the growth traits of Bali cattle was analyzed using the t-test. The amplification of the SNP c.957A>C of the PLAG1 gene was successfully carried out at a temperature of 52 oC with a product length of 744 bp. The genotypes found were homozygous genotypes (AA and CC) and heterozygous genotypes (AC) with A and C allele frequencies of 0.10 and 0.90, respectively in Bali cattle. Allele frequencies in Madura cattle was 0.70 and 0.30, while in PO, BB, and Limousine cattle the PLAG1|TaqI SNP c.957A>C gene was monomorphic. Allele frequencies in Bali and Madura cattle are in equilibrium, with the C allele in Bali cattle having the highest allele frequency. It is suggested that the C allele is a specific allele in Bali cattle. The genotype of PLAG1 SNP c.957A>C in Bali cattle was not associated (P>0.05) with growth traits.