Pencarian Protein Signifikan Terkait Inflamasi Pada COVID-19 Menggunakan Metode Skyline Query

Abstract

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) adalah penyakit pandemi dunia saat ini. Manusia yang memiliki satu atau lebih penyakit penyerta terinfeksi oleh virus ini cenderung membutuhkan perawatan intensif dan memiliki tingkat kelangsungan hidup yang rendah. Pencarian protein yang berasosiasi dengan virus ini perlu dilakukan untuk menjadi tahap awal membantu para peneliti dalam menemukan obat yang tepat untuk pasien COVID-19. Viral pneumonia, Pulmonary Fibrosis, Pulmonary Edema, Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS), Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) dan Asthma adalah penyakit penyerta COVID-19. Pencarian protein penting ini menggunakan metode skyline query karena metode ini bekerja dengan mengembalikan seluruh protein dominan yang sesuai dengan preferensi berdasarkan enam kriteria kebaikan centrality measures. Hasil pencarian ini menemukan 19 protein signifikan EGRF, HRAS, TNF, VEGFA, IL4, IL17A, CXCL12, ITGAV, COX8A, ALOX5, PARK2, ACTA1, CSF2RA, FCGR2B, HDAC3, B2M, AP3B1, HMOX1, MMP12. Protein-protein ini berasosasi dengan 12 pathway yang berperan dalam inflamasi.

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is a global pandemic disease. Humans who have one or more comorbidities are infected by this virus, they tend to require intensive care and have a low survival rate. The search for proteins associated with this virus needs to be done to be the first stage to help researchers find the right drug for COVID-19 patients. Viral Pneumonia, Pulmonary Fibrosis, Pulmonary Edema, Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS), Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) and Asthma are co-morbidities of COVID-19. The search for this important protein used the skyline query method because this method worked by returning all dominant proteins that match preferences based on six criteria of goodness of centrality measures. The search results found 19 significant proteins EGRF, HRAS, TNF, VEGFA, IL4, IL17A, CXCL12, ITGAV, COX8A, ALOX5, PARK2, ACTA1, CSF2RA, FCGR2B, HDAC3, B2M, AP3B1, HMOX1, MMP12. These proteins were associated with 12 pathways that played a role in inflammation.