Analisis Fenotipe dan Genotipe Escherichia coli Penghasil Extended Spectrum Beta Lactamase dari Efluen Pemotongan Ayam di Kota Bogor

Abstract

Escherichia coli merupakan bakteri Gram negatif yang terdapat di saluran pencernaan hewan dan manusia (komensal). Escherichia coli mudah resistan terhadap antibiotik karena memiliki kemampuan menghasilkam enzim resistansi antibiotik, salah satunya yaitu extended spectrum beta lactamase (ESBL). Escherichia coli resistan antibiotik dapat menyebar melalui lingkungan, salah satunya melalui cemaran efluen proses pemotonga ayam dari rumah potong hewan unggas (RPH-U) dan tempat pemotongan ayam (TPA). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan menganalisis sifat resistansi antibiotik E. coli penghasil ESBL secara fenotipe dan genotipe yang diisolasi dari sampel limbah cair (efluen) RPH-U dan TPA di Kota Bogor. Desain penelitian ini adalah eksploratif, dengan metode pengambilan sampel secara purposif. Sebanyak 12 sampel efluen digunakan dalam penelitian ini, dengan rincian masing-masing 4 sampel dari 3 RPH-U/TPA yang memiliki kapasitas pemotongan lebih dari 1.000 ekor/hari. Analisis laboratorium terdiri dari analisis fenotipe dan genotipe. Metode yang digunakan untuk analisis fenotipe adalah metode ESBL Ec Tricycle yang terdiri dari metode pengujian presumtif atau praduga dan konfirmasi E. coli penghasil ESBL. Metode pengujian presumtif atau praduga dilakukan dengan kultur sampel pada agar tryptone bile x-glucuronide (TBX) dan MacConkey agar (MCA) yang ditambahkan antibiotik cefotaxim 4µg/ml untuk praduga E. coli penghasil ESBL. Hasil positif pada pengujian sebelumnya dikonfirmasi dengan uji biokimia indol pada agar sulfite indole motility (SIM) dan double disk diffusion test pada Mueller Hinton agar (MHA) untuk mengidentifikasi E. coli penghasil ESBL. Analisis genotipe dilakukan dengan pengujian molekuler menggunakan alat Oxford Nanopore Technologies (ONT) MinION dan analisis bioinformatika menggunakan NanoARG. Analisis genotipe dilakukan untuk mendapatkan sifat resistansi berupa data genotipe dari E. coli penghasil ESBL yang terkonfirmasi pada analisis fenotipe. Escherichia coli penghasil ESBL teridentifikasi dari semua sampel yang berasal dari ketiga RPH-U/TPA di Kota Bogor. Persentase E. coli penghasil ESBL terendah 10,45% dan tertinggi 39,52% dengan rata-rata 17,76%. Gen resistan antibiotika blaCTX-M ditemukan pada semua sampel (100%) diikuti gen blaTEM sebesar 58,3%, yang menunjukkan adanya resistansi terhadap antibiotik cephalosporin generasi ke-3 terutama cefotaksim pada semua sampel. E. coli penghasil ESBL yang menyebar melalui cemaran efluen dapat menjadi ancaman kesehatan terutama terhadap masyarakat yang berada di sepanjang aliran sungai dan menggunakan air sungai sebagai sumber kehidupan sehari-hari. Penerapan higiene dan sanitasi perlu dilakukan perbaikan di RPH-U dan TPA. Sarana dan prasarana IPAL sangat penting dalam mencegah penyebaran bakteri E. coli penghasil ESBL ke lingkungan, sehingga perlu adanya penambahan sarana IPAL di TPA dan perbaikan IPAL di RPH-U. Instansi terkait khususnya dinas yang membidangi kesehatan dan otoritas veteriner di Kota Bogor perlu melakukan kontrol dan pengawasan antibiotik cephalosporin generasi ke-3. Penelitian lebih lanjut tentang kejadian resistansi antibiotik dapat dikembangkan dengan konsep one health pada ternak dan masyarakat di sepanjang aliran sungai di Kota Bogor dan wilayah lain di Indonesia.