Analisis Penambatan Molekuler Turunan Senyawa Tanin Daun Afrika (Vernonia amygdalina Del) terhadap MurA sebagai Antibakteri

Abstract

Daun Afrika (Vernonia amygdalina Del) mengandung berbagai jenis metabolit sekunder yang memiliki aktivitas antibakteri seperti tanin dan turunannya. Penggunaan antibiotik secara berlebihan dapat menyebabkan resistensi antibiotik, sehingga menurunnya efektivitas obat yang digunakan dalam mencegah atau mengobati infeksi. Penelitian bertujuan menguji potensi antibakteri senyawa turunan tanin dari Vernonia amygdalina Del melalui penghambatan terhadap enzim UDP-N acetylglucosamine enolpyruvyl transferase (MurA) secara penambatan molekuler dengan parameter berupa jenis ikatan kimia, energi afinitas, dan konstanta inhibisi dapat menguatkan potensi tanin dan turunannya sebagai antibakteri. Hasil menunjukkan bahwa beberapa senyawa aktif khas daun Afrika yaitu accertannin, gallic acid, hamamelitannin, dan petunidin 3-glukoside diprediksikan memiliki energi afinitas sebesar -7,4; -6,2; -5,6; dan -6,1 kkal/mol serta konstanta inhibisi sebesar 3,713; 28,205; 77,735; dan 33,397 μm. Ligan uji menunjukkan aktivitas lebih baik dibanding ligan pembanding yang memiliki energi afinitas sebesar -4,5 kkal/mol dan konstanta inhibisi sebesar 498,673 μm. Senyawa aktif tersebut diprediksi dapat menghambat sintesis dinding sel pada bakteri.

African leaves (Vernonia amygdalina Del) contain various types of secondary metabolites with antibacterial activity such as tannins and its derivatives. Antibiotic overuse, a key driver of antibacterial resistance has resulted in decreased effectiveness of drugs used in preventing or treating infections. This study aimed to examine the potency of tannins and its derivative from Vernonia amygdalina Del through inhibition of the UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase (MurA) enzyme by molecular docking with parameters such as the type of chemical bond, energy affinity, and inhibition constant strengthens the potential of tannins and its derivatives as anti-bacterial. The results showed tannins were found to contain specific active compounds: accertannin, gallic acid, hamamelitannin, and petunidin 3-glucoside. Prediction of these compounds showed energy affinity equal to -7,4; -6,2; -5,6; and -6,1 kcal/mol and inhibition constants of 3,713; 28,205; 77,735; and 33,397 μm better inhibition activity than the reference ligand which have an energy affinity value equal to -4,5 kcal/mol and an inhibition constant of 498,673 μm. The specific active compound Vernonia amygdalina Del prediction proved to inhibit cell wall synthesis in bacteria.