Analisis Bioinformatika untuk Mencari Spesies Bakteri yang Memiliki Kesamaan Sekuen Gen 16S rRNA dengan Bacillus aquimaris galur SH6 dari Basis Data GenBank.

Abstract

Bacillus aquimaris galur SH6 merupakan salah satu bakteri penghasil endospora yang dapat menghasilkan karotenoid berpigmen jingga. Analisis bioinformatika dilakukan sebagai langkah awal untuk mencari spesies yang memiliki tingkat kesamaan sekuen gen 16S rRNA yang tinggi dengan B.aquimaris galur SH6. Penelitian ini bertujuan mendapatkan dan menganalisis spesies yang memiliki kesamaan gen 16S rRNA yang tinggi dengan B. aquimaris galur SH6 secara bioinformatika. Sekuen gen 16S rRNA B. aquimaris galur SH6 didapatkan dari basis data GenBank. Sekuen tersebut dimasukkan ke dalam aplikasi nucleotide BLAST dari NCBI untuk melihat homologi dengan spesies terdekat. Sebanyak 12 sekuen hasil BLAST diambil. Perbedaan genom sekuen dihitung menggunakan aplikasi Genome-to-Genome Distance Calculator (GGDC) DSMZ. Hasil perhitungan diubah menjadi data berbentuk tabel. Setiap sekuen dibandingkan dengan teknik Frequency of Chaos Game Representation (FCGR) pada laman BIOPHP FCGR. Selain itu, kandungan GC setiap sekuen juga ditentukan menggunakan alat GC plotting pada laman ENDMEMO. Semua sekuen dilakukan pensejajaran dan analisis filogenetik dengan program MEGA X. Berdasarkan data hasil analisis sekuen 16S rRNA dengan GGDC, FCGR, GC Content Plotting, dan kontruksi pohon filogenetik, didapatkan beberapa sekuen bakteri yang paling berhubungan dekat dengan B. aquimaris galur SH6, di antaranya Bacillus aquimaris galur TF-12, Bacillus marisflavi galur TF-11, dan Bacillus haikouensis galur C-89.