Analisis Keragaman Genetik Aksesi Lansium spp. Berdasarkan Karakter Morfologi Vegetatif dan Marka Simple Sequence Repeat

Abstract

Karakter morfologi dan informasi marka molekuler SSR (Simple Sequence Repeat) digabungkan untuk mempelajari keragaman genetik Lansium spp. Data sekuen genom yang telah ada digunakan untuk pengembangan marka SSR untuk mendeteksi keragaman pada tingkat molekuler secara lebih cepat dan efisien. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari keragaman genetik aksesi Lansium spp. (duku, langsat, kokosan) berdasarkan karakter morfologi dan marka SSR. Penelitian dilakukan pada Juli 2019 hingga Januari 2021 di Kebun Raya Bogor, Taman Buah Mekarsari, Cagar Buah Condet, Laboratorium Pasca Panen dan Laboratorium Riset Unggulan, IPB. Sampel yang digunakan berjumlah 20 aksesi. Karakterisasi morfologi dilakukan dengan pengamatan langsung. Analisis molekuler menggunakan marka SSR yang dikarakterisasi berdasarkan data hasil sekuensing. Sampel DNA diisolasi menggunakan metode Genomic DNA mini kit for plant (Geneaid). Analisis fragmen DNA didasarkan pada protokol Type-it Microsatellite PCR kit. Data dianalisis menggunakan Cervus 3.07, POPGENE 3.2 dan PBSTAT-CL. Karakter morfologi vegetatif bervariasi berdasarkan hasil pengamatan pada kanopi, batang, dan daun. Aksesi membentuk empat grup pada jarak cophenetic 0,45. Duku condet terdapat pada grup satu. Grup dua diidentifikasi sebagai grup kokosan-langsat sedangkan grup lainnya belum dapat diidentifikasi. Urutan dan karakteristik marka SSR pada Lansium domesticum mayoritas memiliki motif AAT. Motif utama kaya akan T, TA, AAT, TTAA, TTTCT, AAAAAT dan motif minor sebagian besar kaya akan G/C. Desain primer untuk analisis molekuler dapat dilakukan berdasarkan informasi tersebut. Analisis gerombol berdasarkan marka SSR menghasilkan dua grup utama pada jarak cophenetic 0,35. Grup pertama mayoritas terdiri dari aksesi dengan nama lokal duku dan langsat sedangkan grup dua mayoritas terdiri dari aksesi dengan nama lokal kokosan. Primer P1, P4, P5, dan P8 merupakan primer yang paling baik dalam membedakan kedua grup ini. Marka SSR yang digunakan bersifat informatif dan mampu mendeteksi keragaman genetik antar aksesi. Dendrogram hasil analisis data gabungan membentuk dua grup pada jarak cophenetic 0,35. Grup pertama terdiri dari CON 3, CON 2, CON 1, KRB 8, MKS 2, MKS 3, MKS 1, MKS 8, MKS 10, KRB 2, KRB 6, MKS 8, MKS 9, KRB 6, dan KRB 2 yang diidentifikasi sebagai duku dan duku-langsat. Grup kedua terdiri dari KRB 9, KRB 7, KRB 5, MKS 7, KRB 3, MKS 4, MKS 6, dan KRB 1 diidentifikasi sebagai kokosan. Keragaman genetik aksesi yang diamati tergolong tinggi baik berdasarkan karakter morfologi maupun molekuler. Sebaiknya dilakukan karakterisasi pada karakter generatif dan melibatkan aksesi yang lebih banyak sehingga informasi pengelompokan yang didapatkan dapat lebih akurat.