Analisis Pakan Badak Jawa (Rhinoceros sondaicussondaicus) Menggunakan Marka DNA Barkode Gen Kloroplas maturase K (matK)

Abstract

Badak jawa (Rhinoceros sondaicus sondaicus) merupakan salah satu satwa yang ada di Indonesia yang kini keberadaannya terancam punah dan diperkirakan jumlahnya kurang lebih 62 individu pada tahun 2013, dan saat ini hanya dapat ditemukan di Taman Nasional Ujung Kulon (TNUK), Banten. Saat ini, faktor pakan badak jawa menjadi hal yang krusial bagi keberlangsungan hidup spesies tersebut karena luasan serta kualitas pakannya sangat terancam karena adanya kerusakan hutan. Tujuan penelitian ini adalah memberikan informasi pakan badak jawa secara tepat dan aktual melalui proses barcoding DNA tumbuhan dari feses badak jawa yang telah dikoleksi dari TNUK, Banten. DNA total didapatkan dari 10 sampel feses badak jawa dan 10 tumbuhan yang diduga sebagai pakan badak jawa. PCR dilakukan dengan menggunakan primer spesifik tumbuhan marka matK. Analisis sekuen yang didapat di BLAST-n kemudian diolah menggunakan MEGA 7 untuk dilihat identitas dan kekerabatannya. Hasil analisis 10 sampel feses mendapatkan Leea coccinea dari famili Vitaceae diduga sebagai pakan favorit badak jawa. Sumber pakan lainnya adalah tumbuhan Terminalia guyanensis (Combretaceae), Morus celtidifolia (Moraceae), dan Dillenia indica (Dilleniaceae). Dari 10 sampel tumbuhan diduga pakan badak jawa salah satu diantaranya yaitu sampel tumbuhan sulangkar (Leea indica) memiliki jarak genetik yang paling dekat dengan sampel feses yang teridentifikasi sebagai Leea coccinea yaitu perbedaannya berkisar 1.59– 1.71% (0.0159–0.0171). Hal ini menunjukkan sulangkar (Leea indica) diduga sebagai pakan favorit badak jawa. Ketidakcocokan tersebut diduga belum terdapatnya database sulangkar (Leea indica) di GenBank.

The Javan rhino (Rhinoceros sondaicus sondaicus) is one of the animals in Indonesia which is now threatened with extinction. It was estimated that its number was around 62 individuals in 2013, and currently can only be found in Ujung Kulon National Park, Banten. At present, the Javan rhino forage is crucial for the survival of this species because the area and quality of its food are seriously threatened due to forest destruction. The purpose of this study was to provide accurate and actual information on Javan rhino food through the process of barcoding plant DNA from Javan rhino faeces that had been collected from Ujung Kulon National Park, Banten. Total DNA was obtained from 10 Javan rhino faeces and 10 plants suspected of being Javan rhino feed. PCR was performed using specific primers for the matK marker plant. Sequence analysis obtained in BLASTn was then processed using MEGA 7 to see its identity and kinship. The results of the analysis of 10 stool samples found Leea coccinea from the Vitaceae family, which is thought to be the favorite food of Javan rhinos. Other food sources are Terminalia guyanensis (Combretaceae), Morus celtidifolia (Moraceae), and Dillenia indica (Dilleniaceae). From 10 of the plant samples, Leea indica had a genetic distance that was very close to the fecal samples identified as ranging from 1.59-1.71% (0.0159-0.0171). This shows that the sulangkar, (Leea indica) is thought to be the Javan rhino's favorite food. This discrepancy is thought to have not yet existed in the sulangkar (Leea indica) database at GenBank.