Identifikasi Keragaman Gen Alpha-S1 Casein g.12164G>A pada Kambing Perah di Balitnak

Abstract

Polimorfisme gen Alpha-S1 Casein (CSN1S1) berimplikasi pada keragaman komposisi susu dan kualitas curd keju. Penelitian dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen CSN1S1 g.12164G>A, berasal dari 67 set DNA terdiri dari kambing PE 5 ekor, saanen 8 ekor, Sapera 51 ekor, dan SaanPE 3 ekor di Balitnak. Polimorfisme diidentifikasi menggunakan PCR-RFLP enzim DdeI standar Phenol-chloroform. Keragaman gen dianalisis menggunakan program Popgen32. Amplifikasi menghasilkan panjang fragmen 438 bp. Enzim DdeI memotong produk PCR menjadi 3 fragmen, yakni 192 pb, 145 pb, dan 101 pb, dinyatakan sebagai alel G, sedangkan alel A apabila terpotong menjadi 2 fragmen, yaitu 337 pb dan 101 pb. Frekuensi alel G tertinggi terdapat pada kambing saanen (0.625), Sapera (0.578), PE (0.400) dan terendah SaanPE (0.333). Frekuensi alel A tertinggi terdapat pada kambing SaanPE (0.667), PE (0.600), Sapera (0.422) dan terendah pada kambing saanen (0.375). Keragamaan tertinggi terdapat pada kambing saanen (0.75). Sebagian besar kambing perah pengamatan berada dalam kesetimbangan Hardy-Weinberg, terkecuali kambing SaanPE. Berdasarkan data keragaman, dapat disimpulkan bahwa kambing perah di Balitnak Ciawi bersifat polimorfik untuk gen CSN1S1 g.12164G>A