Asal Usul Sapi Pesisir Berdasarkan Penanda DNA Mitokondria pada Daerah D-loop

Abstract

Sapi adalah salah satu ternak hasil domestikasi. Domestikasi ternak dimulai 8.000-10.000 tahun yang lalu. Itu berasal dari keturunan auroch (Bos primigenius) dari Afrika dan didistribusikan ke Eropa-Asia. Ada dua jenis sapi modern yang berasal dari B. primigenius; mereka adalah sapi tak berpunuk (Bos taurus) dan sapi berpunuk (Bos indicus). Selain itu, ada juga Bos javanicus, yang merupakan keturunan Bibos banteng. Bos javanicus adalah salah satu sapi asli Indonesia, yang berbeda dari B. taurus dan B. indicus. Ada juga beberapa jenis sapi domestik di Indonesia, seperti Sapi Aceh, Sapi Madura, dan Sapi Pesisir. Sapi Pesisir adalah salah satu lokal Indonesia yang merupakan keturunan Bos indicus yang memiliki karakteristik tubuh kecil. Diasumsikan karena persilangan antara sapi Pesisir dan sapi lainnya. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mempelajari asal-usul sapi Pesisir berdasarkan mtDNA D-loop dan untuk mengetahui hubungan filogenetik antara sapi Pesisir dan sapi lainnya. Sampel darah sapi diambil di dua lokasi, Way Krui dan Tanah Rekah. Amplifikasi gen mitokondria menggunakan sepasang primer koleksi Achmad Farajallah, yaitu AF22 (forward) 5'-GCGTACGCAATCTTACGATCA-3' dan AF23 (revers) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC-3'. Penelitian ini berfokus pada daerah d-loop. Hasil sequensing nukleotida diedit menggunakan program Bio Edit versi 7.2.5. Urutan DNA yang diedit diselaraskan menggunakan Clustal W yang termasuk dalam program MEGA versi 6.0. Semua sekuens DNA diparalelkan dengan melibatkan beberapa referensi DNA homolog dalam data publik (NCBI). Rekonstruksi pohon filogenetik dianalisis menggunakan metode Neighbor-Joining berdasarkan Parameter Kimura 2. Hasil analisis mtDNA di wilayah d-loop menunjukkan bahwa ada dua induk pada sapi Pesisir, yaitu Bos indicus dan Bos javanicus. Ruas d-loop sapi pesisir memiliki panjang berfariasi karena adanya proses delesi dan insersi. Sapi pesisir WK, ditemukan basa nukleotida (nt) dengan panjang 22 nt yang mengalami pengulangan secara berurutan (tandem repeat). Motif berulang yang muncul adalah GTACATAATATTA dan ATGTAATAA. Ruas berulang ditemukan pada spesies B. javanicus dan sampel Lampung WK 01 dan sampel WK 13. Kedekatan antara spesies ini adalah karena jarak geografis yang dekat antara Bos indicus yang berasal dari Way Krui, Lampung dan Bos javanicus dari Jawa.