Aplikasi Model Hidden Markov Diskret pada Persilangan Tumbuhan Diploid

Abstract

Hereditas atau pewarisan sifat adalah penerusan sifat dari satu generasi ke generasi berikutnya. Selama ribuan tahun, prinsip-prinsip hereditas dan variasi telah banyak dieksploitasi oleh petani agar dapat dihasilkan tanaman dan hewan dengan sifat-sifat yang dikehendaki. Teori pertama tentang sistem pewarisan sifat yang dapat diterima kebenarannya dikemukakan oleh Gregor Mendel. Teori ini diajukan berdasarkan penelitiannya mengenai persilangan berbagai varietas ercis (Pisum sativum). Mendel mengemukakan beberapa hipotesis mengenai pewarisan material genetik dari induk kepada keturunannya. Menurut Mendel, untuk setiap karakter, organisme mewarisi dua alel, satu dari masing-masing induk. Ia menarik kesimpulan tanpa mengetahui peran dan keberadaan kromosom. Faktanya, setiap sel somatik yang memiliki dua set kromosom disebut sel diploid, satu set diwarisi dari setiap induk (Campbell et al. 2011). Meskipun hukum Mendel mampu memberikan hipotesis mengenai pewarisan material genetik dari induk kepada keturunannya, namun penelusuran sifat hanya dilakukan berdasarkan kenampakan atau sifat yang teramati pada organisme. Sifatsifat organisme tidak selalu mengungkapkan komposisi genetiknya. Oleh karena itu, dapat dibedakan antara kenampakan atau sifat yang teramati pada organisme yakni fenotipe dan susunan genetiknya yakni genotipe. Susunan genetik inilah yang tidak dapat diobservasi secara langsung. Model hidden Markov dapat digunakan untuk memodelkan pasangan kejadian dan penyebabnya yang tidak dapat diobservasi secara langsung (Setiawaty 2002). Jika ruang state proses observasi berhingga dan indeks waktu adalah bilangan cacah, maka model dikenal sebagai model hidden Markov diskret. ..dst