Struktur Komunitas Fusarium oxysporum f. sp. cubense di Jawa dan Sumatera Berdasarkan Primer Vic Cryphonectria parasitica

Abstract

Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) adalah cendawan penyebab penyakit layu panama yang menjadi kendala utama produksi pisang di seluruh dunia, termasuk di sentra produksi pisang di Indonesia seperti di Jawa dan Sumatera. Berbagai pendekatan analisis variasi genetik Foc di Indonesia pernah dilakukan, namun variasi genetik berdasarkan lokus vic belum diteliti. Lokus vic ini mengendalikan keserasian somatik yang diduga menjadi salah satu sumber pembentukan rekombinan baru. Duabelas pasang primer vic Cryphonectria parasistica dalam penelitian ini dievaluasi dan sekaligus digunakan untuk menganalisis struktur komunitas Foc di Jawa dan Sumatera. Hasil penelitian menunjukkan lima marka/lokus dengan 9 alel (A-I) pada 38 strain Foc terdeteksi dengan menggunakan 9 dari 12 pasang primer vic C. parasitica. Dua dari sembilan pasang primer vic tersebut dapat mendeteksi lokus vic pada Foc yang berkaitan dengan mekanisme apoptosis pada proses somatogami. Berdasarkan keragaman lokus dan sistem interaksi alelik, populasi Foc di Jawa dan Sumatera dapat dikelompokkan menjadi 18 haplotipe (1-18). Keragaman haplotipe di Sumatera Utara dan Lampung lebih tinggi daripada di Jawa Barat. Meskipun demikian, Haplotipe 7 dan alel E merupakan haplotipe dan alel dominan yang tersebar di Sumatera Utara, Lampung, dan Jawa Barat. Haplotipe 18 dan alel C merupakan haplotipe dan alel yang spesifik yang hanya terdapat pada Foc di Jawa Barat. Persebaran haplotipe dominan menunjukkan bahwa pulau tidak membatasi persebaran Foc. Analisis ini masih harus dilengkapi dengan analisis fenotipe kelompok keserasian somatiknya untuk menghindari bias interpretasi.