Karakterisasi Genetik Gen spi1 Virus Infectious Bronchitis yang diisolasi pada Peternakan Unggas di Wilayah Jawa Barat

Abstract

Strain virus Infectious Bronchitis (VIB) dapat ditentukan melalui karakterisasi genetik gen spi1 secara molekuler. Informasi tentang strain VIB yang beredar di Indonesia masih terbatas, oleh sebab itu dilakukan penelitian yang bertujuan untuk menentukan karakterisasi gen spi1 dari VIB yang diisolasi dari unggas di Jawa Barat. Empat puluh tujuh sampel isolat VIB digunakan didalam penelitian ini, sampel virus diisolasi dari peternakan layer dan broiler di Jawa Barat selama bulan Agustus 2017 hingga Januari 2018. Enam vaksin aktif IB yaitu: H120, H52, 4/91, CR88, 233A dan 1-96 digunakan sebagai kontrol positif. Dua puluh enam sampel menunjukkan hasil positif terhadap gen spi1 pada reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) menggunakan primer XCE2+ dan XCE2-. Seluruh sampel positif diisolasi dari tiga peternakan yang berbeda di Jawa Barat, dan dipilih satu sampel positif dari setiap peternakan yang akan di sekuen urutan nukleotida pada gen spi1. Ketiga isolat ini adalah Indonesia/K4A9/17 dan Indonesia/P3/17 yang diisolasi di Sukabumi, dan Indonesia/K233A31/18 yang diisolasi di Bogor. Urutan nukleotida dari 352 gen nukleotida parsial spi1 menunjukkan bahwa isolat Indonesia/K4A9/17 dan Indonesia/K233A31/18 memiliki 100% homologi dengan strain virus vaksin IB strain 4/91, sedangkan isolat Indonesia/P3/17 memiliki 100% homologi dengan virus vaksin IB strain 233A. Berdasarkan pohon filogenetik, ketiga isolat ini relatif dekat dengan VIB yang berasal dari Inggris, Israel dan Amerika Serikat.