Karakterisasi Molekuler Gen Hemaglutinin Virus Avian Influenza Subtipe H9N2 yang Diisolasi dari Ayam Layer di Pulau Jawa.
View/ Open
Date
2018Author
Nugroho, Christian Marco Hadi
Soejoedono, Retno Damayanti
Poetri, Okti Nadia
Metadata
Show full item recordAbstract
Virus Avian Influenza (VAI) subtipe H9N2 merupakan ancaman bagi
peternak layer di seluruh dunia. Infeksi VAI subtipe H9N2 dapat mengakibatkan
kerugian ekonomi yang cukup besar bagi peternak layer, karena menyebabkan
penurunan produksi telur hingga 70% apabila disertai oleh ko-infeksi bakteri atau
virus lain. Pulau Jawa merupakan pulau dengan kepadatan ternak unggas yang
paling tinggi di Indonesia. Wabah VAI H9N2 di Pulau Jawa belum pernah
dilaporkan, namun mengingat besarnya kemungkinan telah terjadi penyebaran
VAI subtipe H9N2 ke pulau Jawa, maka kegiatan surveilans terkait keberadaan
virus ini perlu dilakukan, terutama pada peternakan layer yang mengalami
penurunan produksi telur secara drastis.
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan karakterisasi secara
molekuler isolat VAI subtipe H9N2 yang diisolasi dari ayam layer yang
mengalami penurunan produksi telur di Pulau Jawa, serta mempelajari hubungan
filogenetiknya dengan VAI subtipe H9N2 yang diisolasi di negara lain yang
mengalami wabah H9N2. Tiga puluh tiga isolat arsip suspek VAI H9N2
digunakan pada penelitian ini. Isolat virus di propagasi pada telur ayam berembrio
spesific antibody negative (TAB-SAN), kemudian RNA virus diekstraksi dari
cairan alantois TAB dan identifikasi virus dilakukan dengan metode reverse
transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) terhadap keberadaan gen H9
dan N2. Sekuensing nukleotida terhadap gen hemaglutinin (HA) dilakukan pada
isolat virus yang menunjukkan hasil positif terhadap gen H9 dan N2. Karakteristik
gen HA dianalisa berdasarkan motif cleavage site, receptor binding site, antigenic
site serta ada tidaknya Potential N-Linked Glycosylation Site (PGS) di sekitar
receptor binding site. Kedekatan filogenetik dianalisa dengan membandingkan
isolat virus pada penelitian ini dengan isolat VAI subtipe H9N2 lainnya pada
GenBank melalui pohon filogenetik.
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa 13 dari 33 isolat virus merupakan
VAI subtipe H9N2 dan masuk ke dalam lineage Y280, clade h9.4.2.5, serta
memiliki kedekatan genetik dengan isolat Cina tahun 2013 dan Vietnam tahun
2014 dengan persentase homologi nukelotida sebesar 96.9%–98.8%. Pola susunan
asam amino pada cleavage site gen HA dari 13 isolat VAI H9N2 adalah
PSR(K)SSR↓GLF yang mengindikasikan bahwa virus pada penelitian ini
memiliki patogenisitas yang rendah pada unggas (low pathogenic avian
influenza/LPAI).
Collections
- MT - Veterinary Science [898]