Karakterisasi Molekuler Gen Hemaglutinin Virus Avian Influenza Subtipe H9N2 yang Diisolasi dari Ayam Layer di Pulau Jawa.

Abstract

Virus Avian Influenza (VAI) subtipe H9N2 merupakan ancaman bagi peternak layer di seluruh dunia. Infeksi VAI subtipe H9N2 dapat mengakibatkan kerugian ekonomi yang cukup besar bagi peternak layer, karena menyebabkan penurunan produksi telur hingga 70% apabila disertai oleh ko-infeksi bakteri atau virus lain. Pulau Jawa merupakan pulau dengan kepadatan ternak unggas yang paling tinggi di Indonesia. Wabah VAI H9N2 di Pulau Jawa belum pernah dilaporkan, namun mengingat besarnya kemungkinan telah terjadi penyebaran VAI subtipe H9N2 ke pulau Jawa, maka kegiatan surveilans terkait keberadaan virus ini perlu dilakukan, terutama pada peternakan layer yang mengalami penurunan produksi telur secara drastis. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan karakterisasi secara molekuler isolat VAI subtipe H9N2 yang diisolasi dari ayam layer yang mengalami penurunan produksi telur di Pulau Jawa, serta mempelajari hubungan filogenetiknya dengan VAI subtipe H9N2 yang diisolasi di negara lain yang mengalami wabah H9N2. Tiga puluh tiga isolat arsip suspek VAI H9N2 digunakan pada penelitian ini. Isolat virus di propagasi pada telur ayam berembrio spesific antibody negative (TAB-SAN), kemudian RNA virus diekstraksi dari cairan alantois TAB dan identifikasi virus dilakukan dengan metode reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) terhadap keberadaan gen H9 dan N2. Sekuensing nukleotida terhadap gen hemaglutinin (HA) dilakukan pada isolat virus yang menunjukkan hasil positif terhadap gen H9 dan N2. Karakteristik gen HA dianalisa berdasarkan motif cleavage site, receptor binding site, antigenic site serta ada tidaknya Potential N-Linked Glycosylation Site (PGS) di sekitar receptor binding site. Kedekatan filogenetik dianalisa dengan membandingkan isolat virus pada penelitian ini dengan isolat VAI subtipe H9N2 lainnya pada GenBank melalui pohon filogenetik. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa 13 dari 33 isolat virus merupakan VAI subtipe H9N2 dan masuk ke dalam lineage Y280, clade h9.4.2.5, serta memiliki kedekatan genetik dengan isolat Cina tahun 2013 dan Vietnam tahun 2014 dengan persentase homologi nukelotida sebesar 96.9%–98.8%. Pola susunan asam amino pada cleavage site gen HA dari 13 isolat VAI H9N2 adalah PSR(K)SSR↓GLF yang mengindikasikan bahwa virus pada penelitian ini memiliki patogenisitas yang rendah pada unggas (low pathogenic avian influenza/LPAI).