Keragaman Nukleotida di 3’Untranslated Region dari Gen Reseptor Dopamine D1 pada Sapi Madura
View/ Open
Date
2018Author
Lestari, Sagita Dini
Farajallah, Achmad
Widayati, Kanthi Arum
Metadata
Show full item recordAbstract
Sapi madura dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging,
sapi karapan (sapi balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Sapi
karapan dan sonok merupakan sapi terpilih dengan kinerja dan kondisi yang
sangat baik sesuai peruntukannya. Sifat temperamen dapat menyebabkan perbedaan
performa dari sapi madura. Gen reseptor dopamin D1 (DRD1) merupakan kandidat
gen yang dapat mempengaruhi sifat temperamen dari kelompok mamalia.
Keragaman nukleotida pada gen ini diduga akan berpengaruh pada perbedaan
temperamen pada sapi madura. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman
nukleotida pada ruas 3’Untranslated region (3’UTR) dari gen DRD1 pada
masing-masing peruntukan sapi madura. Sampel yang digunakan adalah 23
sampel DNA dari darah dan saliva sapi madura pedaging, karapan, dan sonok.
Metode yang digunakan meliputi reaksi polimerisasi, sekuensing nukleotida
(nucleotide sequencing), dan analisis nukleotida dari sekuensing. Proses
sekuensing menggunakan tiga pooled amplikon dari sampel DNA setiap tipe
peruntukan sapi madura. Data sekuen 3’UTR dari sekuensing dikomparasikan
dengan Bos indicus dengan nomor aksesi XM_019967896.1 sebagai sekuen
referensi untuk mengkonfirmasi posisi nukelotida apabila ditemukan adanya
mutasi (varian). Sekuen nukleotida ruas 3'UTR dari DRD1 menunjukkan adanya
lima varian nukleotida yang ditemukan pada sapi madura sonok. Varian-varian ini
ditemukan pada posisi nukelotida ke 25 (A/C), 79 (C/G), 156 (T/C), 163 (C/T),
dan 284 (T/A). Selain itu, ditemukan adanya insersi nukleotida G pada posisi
nukleotida ke 369 pada ruas 3'UTR yang terdapat pada seluruh tipe sapi madura
dan tidak ditemukan pada B. indicus. Tidak ditemukan adanya perbedaan
nukleotida antara sapi madura karapan dengan sapi pedaging, tetapi ditemukan
adanya perbedaan antara sapi madura sonok dengan sapi pedaging dan sapi
karapan.
Collections
- UT - Biology [2148]