Keragaman Nukleotida di 3’Untranslated Region dari Gen Reseptor Dopamine D1 pada Sapi Madura

Abstract

Sapi madura dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging, sapi karapan (sapi balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Sapi karapan dan sonok merupakan sapi terpilih dengan kinerja dan kondisi yang sangat baik sesuai peruntukannya. Sifat temperamen dapat menyebabkan perbedaan performa dari sapi madura. Gen reseptor dopamin D1 (DRD1) merupakan kandidat gen yang dapat mempengaruhi sifat temperamen dari kelompok mamalia. Keragaman nukleotida pada gen ini diduga akan berpengaruh pada perbedaan temperamen pada sapi madura. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman nukleotida pada ruas 3’Untranslated region (3’UTR) dari gen DRD1 pada masing-masing peruntukan sapi madura. Sampel yang digunakan adalah 23 sampel DNA dari darah dan saliva sapi madura pedaging, karapan, dan sonok. Metode yang digunakan meliputi reaksi polimerisasi, sekuensing nukleotida (nucleotide sequencing), dan analisis nukleotida dari sekuensing. Proses sekuensing menggunakan tiga pooled amplikon dari sampel DNA setiap tipe peruntukan sapi madura. Data sekuen 3’UTR dari sekuensing dikomparasikan dengan Bos indicus dengan nomor aksesi XM_019967896.1 sebagai sekuen referensi untuk mengkonfirmasi posisi nukelotida apabila ditemukan adanya mutasi (varian). Sekuen nukleotida ruas 3'UTR dari DRD1 menunjukkan adanya lima varian nukleotida yang ditemukan pada sapi madura sonok. Varian-varian ini ditemukan pada posisi nukelotida ke 25 (A/C), 79 (C/G), 156 (T/C), 163 (C/T), dan 284 (T/A). Selain itu, ditemukan adanya insersi nukleotida G pada posisi nukleotida ke 369 pada ruas 3'UTR yang terdapat pada seluruh tipe sapi madura dan tidak ditemukan pada B. indicus. Tidak ditemukan adanya perbedaan nukleotida antara sapi madura karapan dengan sapi pedaging, tetapi ditemukan adanya perbedaan antara sapi madura sonok dengan sapi pedaging dan sapi karapan.