Polimorfisme di 5’UTR Gen (Dopamine Receptor D1) pada Sapi Madura.

Abstract

Sapi madura tergolong bangsa sapi asli Indonesia. Sapi madura merupakan hasil persilangan antara banteng (Bos javanicus) dengan sapi zebu (Bos indicus). Kebudayaan masyarakat di Pulau Madura telah mengelompokkan sapi madura dalam tiga kategori yaitu sapi karapan, sapi sonok, dan sapi pedaging. Kategori sapi karapan cenderung lebih agresif dibandingkan sapi sonok dan sapi pedaging. Agresivitas salah satunya dikendalikan oleh reseptor dopamin D1. Reseptor tersebut disandikan oleh gen (Dopamine Receptor D1). Ruas 5’UTR (Untranslated Region) merupakan salah satu ruas mRNA yang meregulasi translasi. Oleh karena itu tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis polimorfisme di ruas 5’UTR gen pada sapi madura. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Polimerase Chain Reaction (PCR), sekuensing, dan analisis runutan nukleotida dengan aplikasi MEGA 7. Hasil pensejajaran antara ruas 5’UTR gen pada sapi madura dengan anggota subtribe Bovina lainya menunjukkan terdapat subtitusi nukleotida antar spesies dalam subtribe tersebut. subtitusi yang dimaksud adalah transisi di posisi nukleotida ke- 125 (A/G), 224 (C/T), 291 (A/G), 416 (A/G), transversi di posisi nukleotida ke- 398 (G/T). Selain subtitusi juga terdapat indel di posisi nukleotida ke- 397 (C/-). Hasil pensejajaran tersebut juga menunjukkan seluruh kategori dari sapi madura merupakan heterozigot. Selain itu ditemukan bahwa alel G pada posisi nukleotida ke- 398 dapat dijadikan sebagai pembeda antara sapi madura karapan dengan sapi madura sonok dan pedaging.