Keragaman Nukleotida Ruas Ekson 2 dan 3 Gen Branched Chain Ketoacid Dehydrogenase E1-α Polypeptide (BCKDHA) pada Sapi Madura

Abstract

Sapi madura merupakan hasil persilangan sapi zebu (Bos indicus) dengan banteng (Bos javanicus). Sapi madura berkembang di pulau Madura serta pulau-pulau sekitarnya. Kompleks enzim Branched Chain Ketoacid Dehydrogenase (BCKDH) berfungsi mengubah asam amino bercabang (leusin, isoleusin dan valin) menjadi α-keto. Subunit E1-α dari kompleks enzim BCKDH disandikan oleh gen BCKDHA. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman nukleotida ruas ekson 2 dan 3 gen BCKDHA pada sapi madura. Analisis keragaman gen BCKDHA dilakukan terhadap 11 sampel DNA sapi madura dan satu sampel DNA sapi peranakan ongole menggunakan metode perunutan nukleotida dari produk PCR. Hasil pensejajaran sampel terhadap runutan referensi (Bos taurus) ditemukan varian heterozigot yang berada pada posisi nukleotida ke 230 di ruas intron 2; 498, 524 dan 558 di ruas intron 3 serta 6 varian homozigot ,yaitu G230A di ruas intron 2; A352G di ruas ekson 3; A433G, G498A, G524T, serta C558T di ruas intron 3. Mutasi transisi A352G ditemukan pada ruas ekson 3 sapi madura jenis pedaging. Kejadian mutasi tersebut tidak mengubah penyandian asam amino setelah ditranslasikan.