Karakterisasi Gen C-C Ligan 7 (CCL7) sebagai Penanda Genetik Asma pada Beruk (Macaca nemestrina).
View/ Open
Date
2018Author
Febriani, Novi
Perwitasari, RR Dyah
Saepuloh, Uus
Metadata
Show full item recordAbstract
Satwa primata yang telah banyak dikembangkan sebagai hewan model
asma adalah Macaca fascicularis. Spesies primata lain juga memiliki potensi
untuk dapat dikembangkan sebagai hewan model asma, salah satunya adalah
beruk (Macaca nemestrina). Gen CCL7 berpotensi sebagai penanda genetik asma
karena mampu mensekresikan kemokin yang berperan dalam proses asma. Tujuan
penelitian ini adalah mengkarakterisasi struktur gen CCL7 pada M. nemestrina,
membandingkan struktur gen CCL7 M. nemestrina dengan primata lain, serta
prediksi struktur tiga dimensi protein CCL7. Gen CCL7 M. nemestrina
diamplifikasi menggunakan 5 pasang primer forward dan reverse. Amplikon
ditentukan runutan basanya dengan teknik sekuensing. Sekuen nukleotida dan
asam amino dianalisis secara bioinformatika. Prediksi struktur tiga dimensi
protein CCL7 dilakukan menggunakan program I-TASSER dan divisualisasi
dengan program PyMOL. Panjang sekuen gen CCL7 M. nemestrina yang didapat
sebesar 2221 pb dan panjang asam amino sebesar 109 asam amino. Variasi
nukleotida gen CCL7 pada M. nemestrina dengan M. fascicularis, M. mulata dan
H. sapiens terdapat pada daerah ekson 1, ekson 2 dan ekson 3 sebagai daerah CDS
(Coding DNA Sequence). Analisis homologi menunjukkan bahwa urutan
nukleotida dan asam amino gen CCL7 M. nemestrina homolog dengan tiga
spesies primata lain dengan nilai identity lebih dari 90%. Analisis perbandingan
daerah CDS menunjukkan bahwa M. nemestrina memiliki kemiripan tinggi
dengan tiga spesies primata lain dengan nilai identity lebih dari 90%. Hasil
prediksi struktur tiga dimensi protein CCL7 M. nemestrina memiliki kemiripan
tinggi dengan H. sapiens dengan nilai identity sebesar 95%. Gen CCL7 M.
nemestrina secara molekuler mirip dengan H. sapiens, sehingga M. nemestrina
berpotensi untuk digunakan sebagai hewan model asma.
Collections
- UT - Biology [2148]