Karakterisasi Gen C-C Ligan 7 (CCL7) sebagai Penanda Genetik Asma pada Beruk (Macaca nemestrina).

Abstract

Satwa primata yang telah banyak dikembangkan sebagai hewan model asma adalah Macaca fascicularis. Spesies primata lain juga memiliki potensi untuk dapat dikembangkan sebagai hewan model asma, salah satunya adalah beruk (Macaca nemestrina). Gen CCL7 berpotensi sebagai penanda genetik asma karena mampu mensekresikan kemokin yang berperan dalam proses asma. Tujuan penelitian ini adalah mengkarakterisasi struktur gen CCL7 pada M. nemestrina, membandingkan struktur gen CCL7 M. nemestrina dengan primata lain, serta prediksi struktur tiga dimensi protein CCL7. Gen CCL7 M. nemestrina diamplifikasi menggunakan 5 pasang primer forward dan reverse. Amplikon ditentukan runutan basanya dengan teknik sekuensing. Sekuen nukleotida dan asam amino dianalisis secara bioinformatika. Prediksi struktur tiga dimensi protein CCL7 dilakukan menggunakan program I-TASSER dan divisualisasi dengan program PyMOL. Panjang sekuen gen CCL7 M. nemestrina yang didapat sebesar 2221 pb dan panjang asam amino sebesar 109 asam amino. Variasi nukleotida gen CCL7 pada M. nemestrina dengan M. fascicularis, M. mulata dan H. sapiens terdapat pada daerah ekson 1, ekson 2 dan ekson 3 sebagai daerah CDS (Coding DNA Sequence). Analisis homologi menunjukkan bahwa urutan nukleotida dan asam amino gen CCL7 M. nemestrina homolog dengan tiga spesies primata lain dengan nilai identity lebih dari 90%. Analisis perbandingan daerah CDS menunjukkan bahwa M. nemestrina memiliki kemiripan tinggi dengan tiga spesies primata lain dengan nilai identity lebih dari 90%. Hasil prediksi struktur tiga dimensi protein CCL7 M. nemestrina memiliki kemiripan tinggi dengan H. sapiens dengan nilai identity sebesar 95%. Gen CCL7 M. nemestrina secara molekuler mirip dengan H. sapiens, sehingga M. nemestrina berpotensi untuk digunakan sebagai hewan model asma.