Distribusi Aphelenchoides besseyi Christie Nematoda Terbawa Benih Padi di Pulau Jawa

Abstract

Aphelenchoides besseyi merupakan nematoda penting pada padi dan bersifat terbawa benih. Nematoda ini menyebabkan nekrotik dan disintegrasi floem yang dikenal dengan penyakit pucuk putih. Infeksi A. besseyi pada tanaman padi dapat menimbulkan kehilangan hasil secara signifikan dan dapat mengurangi kualitas benih. A. besseyi tersebar di banyak negara salah satunya sebagai dampak dari transportasi benih. Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian (Permentan) No. 51/2015, A. besseyi dikategorikan sebagai organisme pengganggu tumbuhan karantina (OPTK) A2, dengan distribusi terbatas di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan Selatan, walaupun demikian informasi detail mengenai distribusi A. besseyi di Pulau Jawa belum tersedia. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi A. besseyi terbawa benih padi secara morfologi dan molekuler serta menentukan distribusinya di sebagian besar sentra produksi padi Pulau Jawa. Penelitian dilaksanakan dari bulan Juli 2016 sampai September 2017 di Laboratorium Nematologi Tumbuhan dan Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, IPB. Sampel benih padi terdiri atas 26 varietas yang diperoleh dari produsen benih, toko pertanian, dan petani di berbagai kota/kabupaten di Pulau Jawa. Ekstraksi A. besseyi dilakukan dengan metode corong Baermann, sedangkan untuk isolasi DNA dilakukan dengan metode Doyle dan Doyle (1990) yang dimodifikasi. Identifikasi secara morfologi dilakukan dengan mengamati karakter morfologi kunci A. besseyi serta dengan melakukan pengukuran morfometri berdasarkan formula de Man (1880). Identifikasi secara molekuler dilakukan menggunakan polymerase chain reaction yang mengamplifikasi wilayah yang meliputi internal transcribed spacer (ITS) dan 18S rRNA. Hasil amplifikasi fragmen DNA target selanjutnya disikuensing dan dilakukan analisis filogenetika. Berdasarkan pengamatan morfologi dan molekuler, A. besseyi berhasil dideteksi pada 74.32% sampel benih dari hampir semua varietas padi. A. besseyi telah terdistribusi di Banten (Lebak), Jawa Barat (Bogor, Sukabumi, Subang, dan Indramayu), Jawa Tengah (Klaten, Sragen, Sukoharjo, Boyolali, Pati, dan Pemalang), Daerah Istimewa Yogyakarta (Kotamadya Yogyakarta dan Sleman), Jawa Timur (Magetan, Blitar, Tuban, Gresik, Nganjuk, dan Banyuwangi). Analisis nukleotida sikuen 18S rRNA isolat A. besseyi asal Indonesia menunjukkan nilai homologi 94% dengan sikuen asal Vietnam, Spanyol, Brazil, Jepang, Taiwan dan Belanda. Isolat A. besseyi asal Indonesia menunjukkan homologi 99% dan 98% dengan A. besseyi asal India, Cina, Amerika Serikat dan Taiwan berdasarkan analisis nukleotida pada ITS.