Struktur Genetik Mimi Tachypleus gigas dari Pantai Utara Jawa Berdasarkan Gen 16S rRNA sebagai Salah Satu Dasar Pengelolaannya.

Abstract

Keberadaan populasi mimi salah satunya yaitu Tachypleus gigas yang ditemukan di pesisir utara Jawa diduga mengalami penurunan. Fenomena cryptic species dan complex species pada biota perairan seringkali menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi struktur genetik sumberdaya mimi T. gigas dari pesisir utara Jawa berdasarkan gen 16S rRNA. Isolasi dan ekstraksi menghasilkan DNA total yang kemudian diamplifikasi dengan PCR, sekuensing gen 16S rRNA. Gen 16S rRNA T. gigas disejajarkan dengan beberapa gen 16S rRNA, yaitu ingroup (T. gigas) dan outgroup (famili Limulidae) yang didapatkan dari GenBank. Pensejajaran dilakukan menggunakan software MEGA 7.0. Analisis ini menghasilkan basa nukleotida sepanjang 452 bp. Jarak genetik antara contoh yang diteliti berkisar 0,000–0,009. Terdapat 16 situs nukleotida spesifik sebagai penciri spesies. Konstruksi pohon filogeni memperlihatkan perbedaan yang jelas antarspesies pada famili Limulidae dengan T. gigas contoh.