| dc.description.abstract | Lebah madu menggunakan karbohidrat sebagai bahan bakar utama untuk terbang. Gen-gen terkait metabolisme karbohidrat, seperti gen fosfofruktokinase (PFK) dan piruvat kinase (PK) diketahui berkembang sangat cepat pada lebah eusosial, terutama pada lebah madu. Data GenBank memperlihatkan bahwa gen PFK di genus Apis memiliki jumlah ekson yang berbeda pada spesies yang berbeda, sedangkan hampir semua gen PK-like pada genus Apis memiliki jumlah ekson yang sama. Walaupun gen PFK dan PK beberapa spesies Apis telah terdaftar di GenBank, akan tetapi karakterisasi gen tersebut pada lebah asal Indonesia seperti Apis andreniformis dan A. cerana indica belum pernah dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari evolusi lebah madu dengan cara mengkarakterisasi gen PFK dan PK-like pada A. andreniformis dan A. c. indica serta mengkonstruksi pohon filogeni berdasarkan kedua gen tersebut pada tingkat genus Apis.
Sampel A. andreniformis yang digunakan berasal dari Padang Pariaman, Sumatera Barat, sedangkan sampel A. c. indica berasal dari Bogor, Jawa Barat. Total DNA diekstraksi dari bagian thorak, menggunakan metode CTAB 0.2%. Amplifikasi dilakukan dengan menggunakan primer gen PFK dan PK-like yang didesain secara manual berdasarkan sekuen A. mellifera (GenBank NC_007079 dan NC_007073). Produk PCR dielektroforesis pada gel agarose 1.5% dan di-staining menggunakan Diamond Nucleic Acid Dye. Berdasarkan analisis homologi, spesies yang terdekat dengan A. andreniformis dan A. c. indica di-alignment menggunakan ClustalX 2 dan digunakan untuk analisis organisasi ekson-intron. Pohon filogenetik dikonstruksi menggunakan metode Neighbour-joining, bootstrap 1000x replikasi.
Hasil BLAST-N memperlihatkan bahwa gen PFK dan PK-like pada A. andreniformis homolog dengan A. florea, sedangkan A. c. indica homolog dengan A. c. cerana dari Korea. Alignment gen PFK dari lima spesies Apis menunjukkan adanya penambahan ekson, namun pada gen PK-like hanya terdapat satu perbedaan ekson. Berdasarkan hal tersebut dimungkinkan bahwa organisasi ekson intron gen PK-like lebih conserve dibandingkan dengan gen PFK. Pola evolusi lain, memperlihatkan bahwa substitusi nukleotida pada gen PK-like di genus Apis lebih banyak dibandingkan dengan gen PFK. Asam amino deduktif gen PFK memperlihatkan bahwa terdapat pola konsensus pada 19 asam amino, sedangkan deduksi asam amino gen PK-like diprediksi memiliki domain barrel dan domain alpha/beta. Pohon filogeni berdasarkan sekuen nukleotida kedua gen tersebut memperlihatkan kelompok A. andreniformis dan A. florea berada pada posisi basal, lebah A. dorsata dan kelompok A. mellifera dan A. cerana membentuk klade yang monofiletik, sedangkan berdasarkan data asam amino A. mellifera dan A. dorsata membentuk klade yang terpisah dari klade A. cerana. | id |
