Deteksi dan identifikasi spesies Meloidogyne penyebab umbi berbintil pada kentang (Solanum tuberosum L.) Asal Sulawesi Utara
Abstract
Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan tanaman hortikultura penting
yang dikembangkan sebagai sumber pangan alternatif di Indonesia. Produksi
kentang menurun dalam beberapa tahun terakhir, termasuk di Sulawesi Utara.
Nematoda puru akar (Meloidogyne spp.) adalah salah satu penyebab penurunan
produksi kentang di Sulawesi Utara. Spesies Meloidogyne pada kentang di
Sulawesi Utara sampai saat ini belum diidentifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk
mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Meloidogyne spp. pada kentang dan
mengetahui hubungan kekerabatannya dengan spesies dari negara lain serta
memperoleh klon rekombinan spesies Meloidogyne. Sampel umbi kentang
diambil dari sentra produksi kentang Kabupaten Minahasa Selatan, Kabupaten
Bolaang Mongondow Timur dan Kabupaten Bolaang Mongondow, Provinsi
Sulawesi Utara. Identifikasi spesies Meloidogyne dilakukan dari bulan April
sampai Oktober 2016 di Laboratorium Nematologi Tumbuhan dan Laboratorium
Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, IPB.
Identifikasi secara morfologi dilakukan terhadap pola perineal (sidik pantat)
nematoda betina. Identifikasi secara molekuler menggunakan teknik Polymerase
Chain Reaction (PCR) dilanjutkan dengan perunutan nukleotida dan analisis
filogenetik. DNA nematoda berasal dari ekstraksi nematoda betina dan
diamplifikasi dengan menggunakan primer spesifik untuk M. incognita (MI-F dan
MI-R), M. arenaria (Far dan Rar), dan M. javanica (Fjav dan Rjav). Primer
multipleks, yaitu JMV1, JMV2, dan JMV-hapla digunakan untuk mendeteksi M.
hapla, M. fallax, dan M. chitwoodi. Kloning M. javanica dilakukan dengan
metode TA kloning pada plasmid PTZ57R/T dan ditransformasikan ke dalam
bakteri Escherichia coli DH5α. Konfirmasi klon rekombinan dilakukan dengan
PCR menggunakan primer M13/PUC diikuti dengan perunutan nukleotida.
Gejala penyakit akibat infeksi Meloidogyne pada tajuk antara lain tanaman
cepat layu pada siang hari, kerdil, dan klorosis. Gejala pada umbi kentang
meliputi malformasi bentuk umbi, umbi berbintil, dan permukaan umbi
bergelombang. Bila kulit umbi dikupas, bagian dalam umbi yang terinfeksi
terdapat nekrosis berwarna putih kecoklatan yang terdiri atas nematoda betina dan
massa telur.
Dua spesies Meloidogyne yaitu M. javanica dan M. incognita berhasil
didentifikasi berdasarkan karakter morfologi. Identifikasi molekuler dengan PCR
menggunakan primer spesifik berhasil mengamplifikasi fragmen DNA M.
javanica dan M. incognita dengan ukuran ± 420 pb dan ± 999 pb. Analisis runutan
nukleotida menunjukkan M. javanica asal Sulawesi Utara memiliki tingkat
kemiripan paling tinggi dengan M. javanica asal Cina sebesar 97.5 % dengan nilai
quary cover 96 %. M. incognita memiliki nilai homologi 100 % dengan M.
incognita asal Cina dengan quary cover sebesar 95 %. Analisis filogenetik
menunjukkan M. javanica dan M. incognita asal Sulawesi Utara berkerabat sangat
dekat dengan isolat spesies yang sama asal Cina, India, Malaysia dan Thailand.
Fragmen DNA M. javanica berhasil diligasikan dalam plasmid pTZ57R /T
dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coi DH5α. Konfirmasi kloning berhasil
dilakukan menggunakan primer spesifik Fjav/Rjav dan primer M13/pUC dengan
ukuran fragmen DNA secara berturut-turut yaitu ± 420 pb dan ± 720 pb. Analisis
runutan nukleotida M. javanica hasil kloning memiliki nilai homologi sebesar
99.3 % dengan spesies M. javanica asal Cina dengan nilai quary cover sebesar 89
%. Hasil ini selaras dengan hasil analisis runutan nukloetida M. javanica sebelum
dikloning.
Collections
- MT - Agriculture [3778]