Simulasi Pembentangan Protein L Secara Mekanik Menggunakan Metode Steered Molecular Dynamics

Abstract

Protein L merupakan protein multidomain dari kelompok L yang berasal dari bakteri anaerob spesies Peptostreptococcus magnus. Setiap protein memiliki ikatan antarmolekul untuk mempertahankan keadaan awalnya. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul dengan teknik Stereed Molecular Dynamics untuk mempelajari karakteristik mekanik pada protein L. Metode Steered Molecular Dynamics yang digunakan yaitu Constant Velocity Pulling (CVP) dan Constant Force Pulling (CFP) dengan mendefinisikan fixed atom pada atom Cα di N-terminal dan SMD atom pada atom Cα di C-terminal. Variasi kecepatan yang dilakukan pada CPV yaitu 0.005 Ǻ/ps, 0.01 Ǻ/ps, 0.05 Ǻ/ps, 0.1 Ǻ/ps, 0.2 Ǻ/ps, 0.3 Ǻ/ps selama 500 ps. Variasi gaya yang dilakukan saat menggunakan metode CPF sebesar 3000 pN, 5000 pN, 6000 pN dan 7000 pN selama 500 ps. Protein mengalami unfolding sempurna pada kecepatan 0.3 Ǻ/ps dengan menggunakan metode CVP. Hasil yang diperoleh jarak antara fixed atom dan SMD atom menjadi 180.05 Ǻ dan pada metode CFP protein mengalami unfolding sempurna pada gaya 7000 pN dengan nilai jarak antara fixed atom dan SMD atom menjadi 27.48 Ǻ. Bendasarkan hasil analisis dinamika molekul menunjukan perbedaan mekanisme pembentangan protein antara metode CVP dan CFP.