Simulasi Pembentangan Protein L Secara Mekanik Menggunakan Metode Steered Molecular Dynamics
View/ Open
Date
2016Author
Novitasari
Sumaryada, Tony Ibnu
Wahyudi, Setyanto Tri
Metadata
Show full item recordAbstract
Protein L merupakan protein multidomain dari kelompok L yang berasal
dari bakteri anaerob spesies Peptostreptococcus magnus. Setiap protein memiliki
ikatan antarmolekul untuk mempertahankan keadaan awalnya. Pada penelitian
ini dilakukan simulasi dinamika molekul dengan teknik Stereed Molecular
Dynamics untuk mempelajari karakteristik mekanik pada protein L. Metode
Steered Molecular Dynamics yang digunakan yaitu Constant Velocity Pulling
(CVP) dan Constant Force Pulling (CFP) dengan mendefinisikan fixed atom
pada atom Cα di N-terminal dan SMD atom pada atom Cα di C-terminal. Variasi
kecepatan yang dilakukan pada CPV yaitu 0.005 Ǻ/ps, 0.01 Ǻ/ps, 0.05 Ǻ/ps, 0.1
Ǻ/ps, 0.2 Ǻ/ps, 0.3 Ǻ/ps selama 500 ps. Variasi gaya yang dilakukan saat
menggunakan metode CPF sebesar 3000 pN, 5000 pN, 6000 pN dan 7000 pN
selama 500 ps. Protein mengalami unfolding sempurna pada kecepatan 0.3 Ǻ/ps
dengan menggunakan metode CVP. Hasil yang diperoleh jarak antara fixed atom
dan SMD atom menjadi 180.05 Ǻ dan pada metode CFP protein mengalami
unfolding sempurna pada gaya 7000 pN dengan nilai jarak antara fixed atom dan
SMD atom menjadi 27.48 Ǻ. Bendasarkan hasil analisis dinamika molekul
menunjukan perbedaan mekanisme pembentangan protein antara metode CVP
dan CFP.
Collections
- UT - Physics [1094]