Deteksi dan Identifikasi Molekuler Fitoplasma pada Bambu Bergejala Kuning dan Daun Kecil serta Penentuan Serangga Potensial Vektor

Abstract

Fitoplasma merupakan bakteri yang tidak memiliki dinding sel kaku yang menginfeksi lebih dari 200 spesies tanaman, termasuk tanaman tahunan dan semusim. Bambu merupakan jenis tanaman tahunan di Indonesia yang diduga terinfeksi oleh fitoplasma dengan variasi gejala penyakit dari kuning sampai daun kecil. Penularan fitoplasma dapat terjadi melalui tiga cara yaitu perbanyakan vegetatif, melalui tali putri (Cuscuta sp.), dan serangga vektor. Penularan fitoplasma di lapangan pada umumnya oleh serangga vektor, dan sebagian besar vektor adalah serangga dari ordo Hemiptera terutama famili Cicadellidae. Penelitian ini dilakukan untuk melakukan deteksi dan identifikasi secara molekuler fitoplasma yang berasosiasi dengan bambu bergejala kuning dan daun kecil, serta untuk menentukan serangga potensial vektor. Tanaman bambu yang menunjukkan perbedaan gejala oleh fitoplasma terdapat di wilayah Bogor, yaitu yang bergejala daun kuning ditemukan di Dramaga sedangkan yang bergejala daun kecil di Gunung Bunder. Tangkai daun dan ibu tulang daun bambu yang menunjukkan gejala tersebut dipilih sebagai bahan untuk ekstraksi DNA secara total, yang selanjutnya digunakan sebagai template dalam pengujian PCR standar dan nested-PCR berturut-turut menggunakan pasangan primer P1/P7 dan fU5/rU3 untuk mendeteksi keberadaan fitoplasma. Serangga dari ordo Hemiptera juga diambil sebagai sampel di sekitar tanaman bambu yang sakit untuk menentukan serangga yang berpotensi sebagai vektor fitoplasma melalui isolasi total DNA dari tubuh serangga dan dilanjutkan dengan deteksi PCR. Serangga vektor potensial diidentifikasi berdasarkan ciri morfologi. Hasil pengujian menunjukkan bahwa bambu bergejala daun kuning maupun daun kecil terdeteksi positif berasosiasi dengan fitoplasma menggunakan metode PCR standar yang diikuti dengan nested- PCR yang menunjukkan pita amplikon berukuran 890 pb yang mengamplifikasi secara parsial nukleotida wilayah gen 16S rRNA. Fitoplasma juga terdeteksi positif menggunakan nested-PCR terhadap DNA hasil isolasi total dari tubuh wereng batang Tropidocephala sp. (Hemiptera: Delphacidae) yang diperoleh dari sekitar pertanaman bambu bergejala kuning di Dramaga. Dengan demikian, serangga ini mengindikasikan sebagai vektor potensial fitoplasma. Berdasarkan analisis urutan nukleotida parsial gen tersebut, hasil sequencing fitoplasma bambu bergejala kuning memiliki homologi sebesar 92% dengan Tomato yellows phytoplasma, bambu bergejala daun kecil 99% dengan Celosia argentea phytoplasma dan fitoplasma asal serangga memiliki homologi 96% dengan Sorghum bunchy shoot phytoplasma berdasarkan uji BLAST pada situs pangkalan data nukleotida GenBank