| dc.description.abstract | Nitrous oksida (N2O) ialah jejak gas yang penting dari siklus nitrogen
global sebagai akibat dari proses denitrifikasi yang tidak sempurna. Peningkatan
konsentrasinya di atmosfer menyebabkan pemanasan global dan merusak lapisan
ozon. Metode sawah tergenang air (anaerob) yang umum dilakukan petani di
Indonesia merupakan kondisi yang sangat mendukung terjadinya proses
denitrifikasi oleh bakteri. Denitrifikasi melibatkan gen-gen pereduksi senyawa N
terutama gen nosZ sebagai gen penyandi enzim kunci untuk merubah N2O
menjadi gas N2 yang tidak merusak lingkungan. Analisis keragaman mikrob
dalam suatu sampel ekosistem penting untuk meningkatkan pengetahuan tentang
keragaman dan mengetahui fungsi atau peran dari keragaman tersebut bagi
lingkungan.
Pendekatan metagenomik dibutuhkan untuk mengetahui tingkat
keragaman bakteri berdasarkan gen penyandi enzim nitrous oksida reduktase
(nosZ) sebagai enzim kunci dalam menurunkan tingkat emisi N2O dari tanah
sawah ke atmosfer. Pendekatan metagenomik yang paling memungkinkan ialah
teknik Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Prinsip penggunaan
teknik ini melalui pemisahan fragmen DNA yang mempunyai panjang yang sama,
namun dengan sekuens pasangan basa yang berbeda. Penggunaan teknik DGGE
telah berhasil digunakan untuk mengetahui keragaman komunitas mikrob yang
kompleks.
Penelitian ini dilakukan dengan sampel tanah sawah yang diambil dari
petak perlakuan kontrol (pemupukan NPK dosis normal) dan perlakuan pupuk
hayati+ NPK 20% dosis normal pada hari ke 0, 60, dan 120 setelah tanam (HST)
menghasilkan 6 sampel, yaitu 3 kontrol (K0, K60, K120) dan 3 perlakuan pupuk
hayati (P0, P60, P120). Enam sampel dilakukan perlakuan ekstraksi DNA, PCR
untuk amplifikasi genom dengan primer nosZ GC clamp, DGGE, analisis
keragaman berdasarkan pola pita DGGE, pemotongan pita dari gel poliakrilamid,
amplifikasi dengan primer nosZ non GC clamp, sekuensing, analisis sekuen
dengan program CLIQS 1D dan BLAST pada web NCBI, pensejajaran sekuen
dan konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan program MEGA 6.0.
Profil DGGE menunjukkan adanya tingkat keragaman mikrob tanah sawah
dengan gen nosZ yang bervariasi. Sebanyak tiga pita dari total tujuh pita dari
DGGE yang berhasil diamplifikasi untuk konstruksi pohon filogenetik. Mayoritas
gen nosZ dari tiga pita tersebut memiliki kesamaan dengan gen nosZ bakteri yang
tidak dapat dikulturkan (uncultured bacterium). Dari hasil penelitian ini diperoleh
keragaman bakteri yang semakin tinggi pada perlakuan pupuk hayati dari awal
tanam sampai akhir tanam. | id |
