Visualisasi Stuktur Tersier Protein Berbasis Web menggunakan Ribbon Drawing

Abstract

Visualisasi struktur protein sangat penting dalam analisis fungsi dan aktivitas protein. Protein terdiri atas ratusan bahkan hingga ribuan asam amino. Protein direpresentasikan dalam bentuk tiga dimensi yang sulit untuk dimengerti. Dengan menggunakan ribbon model drawing dapat memperjelas bagian dari struktur protein, contohnya pita spiral untuk α-helix dan pita panah untuk β-sheet. Visualisasi dilakukan berbasis web dengan menggunakan Protein Data Bank (PDB) dengan koordinat atom-atom protein. Atom-atom protein tersebut diseleksi dengan memilih atom alpha carbon sebagai backbone dari struktur protein. Hasil seleksi dari atom tersebut menghasilkan bentuk struktur protein. Interpolasi menggunakan Catmull-Rom dilakukan agar membentuk stuktur protein yang lebih halus. Pengujian dilakukan dengan cara melakukan perbandingan jumlah α-helix dan β-sheet yang terdapat pada data PDB dengan hasil visualisasi. Hasil dari perbandingan menunjukkan kesamaan pada jumlah α-helix dan β-sheet pada data PDB maupun hasil visualisasi. Dengan menggunakan Ribbon drawing mampu menunjukkan perbedaan bagian pada struktur tersier protein seperti helix, sheet, dan coil.