Perbandingan Filogeografi Dari Ikan Air Tawar Di Jawa Dan Bali Menggunakan Barcode Dna

Abstract

Informasi mengenai asal – usul keragaman diversitas ikan serta dinamika keadaan geologi terkait waktu di pulau Jawa dan Bali masih kurang dipahami. Oleh karena itu, dibutuhkan studi tentang biogeografi yang bertujuan untuk mempelajari dinamika geologi terkait waktu pada kolonisasi ikan air tawar di pulau Jawa dan Bali Ikan merupakan grup vertebratra yang paling beragam, memiliki diversitas fenotipik yang tinggi dan adanya perubahan selama perkembangan ontogenetik, identifikasi ikan merupakan hal yang sulit. DNA barcoding merupakan pendekatan baru untuk mengidentifikasi spesies didasarkan pada fragmen pendek DNA yang berasal dari bagian mitokondria yang telah dibakukan. Penelitian ini bertujuan menggunakan DNA barcoding untuk mendokumentasi dan mengkarakterisasi keragaman intraspesifik dari beberapa spesies ikan air tawar di pulau Jawa dan Bali yang memiliki wilayah persebaran luas. Sasaran utama dari penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur populasi dari setiap spesies, mengidentifikasi pola dan mengajukan mekanisme potensial untuk menjelaskan pola yang teridentifikasi. Pengambilan sampel untuk penelitian dilaksanakan di 51 lokasi di pulau Jawa dan Bali dengan tujuan untuk mewakili diversitas habitat di pulau Jawa dan Bali yang tinggi. Tiga spesies dipilih menjadi model untuk penelitian ini : Channa gachua (Perciformes, Channidae), Glyptothorax platypogon ( Siluriformes, Sisoridae), and Barbodes binotatus (Cypriniformes, Cyprinidae). C. gachua, G. platypogon and B. binotatus menunjukan tingginya struktur genetika populasi. Hal ini dapat dilihat dari tingginya diferensiasi populasi genetik dan keberadaan dari beberapa kluster genetic. Tingginya variasi genetik antar grup namun rendah di dalam satu populasi yang sama menurut diversitas nukleotida diperkirakan karena adanya fragmentasi populasi yang dapat dilihat dari tingginya nilai diversitas haplotipe namun jarak genetiknya kecil pada satu populasi yang sama. Perkiraan waktu secara genealogy memperkirakan ketiga spesies tersebut telah ada semenjak masa Pliocene yakni 3,05 juta tahun yang lalu untuk C. gachua, 3juta tahun yang lalu intuk G.platypogon dan 2,6 juta tahun yang lalu untuk B. barbodes dan berkolonisasi di pulau Jawa dan Bali pada masa Pleistocene. Hasil yang tidak signifikan dari mantel test menunjukkan bahwa diferensiasi populasi bukan disebabkan karena jarak geografi, namun dikarenakan adanya fragmentasi habitat. Adanya diferensiasi genetic antara populasi di Jawa Barat dan populasi di Jawa Timur terdapat pada ketiga spesies tersebut serta diperkirakan adanya secondary contact yang terjadi di daerah Jawa Tengah.