| dc.description.abstract | Fusarium merupakan salah satu cendawan yang bersifat patogen atau
endofit pada beragam inang atau hidup sebagai saprob. Fusarium dibangun oleh
Link pada tahun 1809. Hingga akhir tahun 1980-an spesies Fusarium dikenali
melalui ciri morfologinya. Ciri morfologi mencakup ciri koloni dan ciri
mikroskopisnya pada media tumbuh tertentu. Secara mikroskopis, Fusarium
dicirikan oleh adanya makrokonidia, mikrokonidia, klamidospora, konidiofor, dan
sel konidiogen. Seiring dengan perkembangan teknologi, spesies Fusarium
diidentifikasi dengan menggunakan pendekatan molekuler, salah satunya ialah
teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) pada marka molekuler tertentu.
Di Indonesia umumnya spesies Fusarium diidentifikasi dengan pendekatan
morfologi. Identifikasi secara molekuler sudah dilakukan namun identitas
ditetapkan sebatas pencarian BLAST yang tersedia pada GenBank. Identifikasi
tidak dilengkapi dengan analisis filogenetik. Oleh sebab itu, penelitian ini
bertujuan menganalisis keragaman dan hubungan kekerabatan beberapa Fusarium
species complex asal Indonesia koleksi Institut Pertanian Bogor Culture
Collection (IPBCC) dengan menggunakan gen ITS rDNA dan EF-1α.
Identifikasi secara molekuler dilakukan dengan analisis filogenetik
berdasarkan data sekuen DNA dari daerah ITS rDNA dan gen EF-1α dengan
menggunakan metode Maximum Likelihood (ML). Sekuen DNA Fusarium hasil
amplifikasi daerah ITS rDNA dan gen EF-1α selanjutnya didepositkan pada
database GenBank.
Berdasarkan analisis filogenetik sekuen DNA daerah ITS rDNA, 41 galur
Fusarium pada penelitian ini diklasifikasikan ke dalam 5 species complex
monofiletik, yaitu F. decemcellulare species complex (FDSC), F. graminearum
species complex (FGSC), F. oxysporum species complex (FOSC), F. solani
species complex (FSSC), dan F. tricinctum species complex (FTSC), serta ke
dalam F. fujikuroi species complex (FFSC) yang polifiletik. Berdasarkan
hubungan kekerabatannya dengan sekuen spesies rujukan, satu galur diidentifikasi
sebagai F. cerealis, 5 galur F. decemcellulare, 16 galur F. oxysporum, 9 galur F.
solani, dan 10 galur tidak dapat diidentifikasi ke tingkat spesies.
Diantara 41 galur yang dipelajari, gen EF-1α hanya dapat diamplifikasi dari
11 galur. Hasil analisis filogenetik gen EF-1α mendukung hasil analisis
filogenetik daerah ITS. Galur-galur yang sebelumnya diidentifikasi sebagai F.
cerealis, F. decemcellulare, F. oxysporum, F. solani, memiliki identitas yang
sama pada analisis filogenetik gen EF-1-nya Beberapa galur yang sebelumnya
tidak teridentifikasi sampai dengan spesies, dapat diberi nama spesies yaitu F.
ambrosium, F. concentricum, dan F. verticillioides.
Analisis filogenetik juga menunjukkan tidak adanya spesifisitas inang dari
spesies Fusarium yang dianalisis. Fusarium pada tingkat spesies dan Fusarium
pada tingkat species complex dapat memiliki berbagai strategi hidup, yaitu saprob,
endofit, dan patogen. | id |
