. Keragaman Genetik Dan Rekonstruksi Filogeni Ikan Kerapu Genus Epinephelus Dari Beberapa Perairan Indonesia

Abstract

Ikan kerapu dari genus Epinephelus merupakan jenis ikan demersal yang sebagian hidupnya di daerah terumbu karang pada perairan tropis dan subtropis. Namun beberapa jenis pada fase juvenil dan larva ditemukan di daerah hutan mangrove dan padang lamun. Jumlah jenis ikan kerapu banyak ditemukan di perairan Indonesia, tercatat ada sekitar 110 spesies yang hidup di perairan Indo-Pasifik. Para nelayan telah melakukan penangkapan ikan kerapu meliputi hampir semua perairan karang yang ada di Indonesia. Hal ini disebabkan karena keuntungan yang diperoleh dalam perdagangan kerapu hidup sangat besar. Eksploitasi yang tinggi dan kurangnya upaya konservasi dapat menyebabkan berkurangnya stok ikan kerapu pada beberapa perairan di Indonesia. Upaya konservasi yang dapat dilakukan adalah dengan menjaga sumberdaya genetik, jenis dan ekosistem ikan tersebut. Sumber daya genetik merupakan tahapan dasar dalam upaya melindungi sumber daya ikan kerapu, melalui teknik DNA barcoding dan studi filogeni. Metode ini akan memudahkan dalam identifikasi bahkan hingga pada tingkatan spesies jika dibandingkan dengan hanya menggunakan metode identifikasi berdasarkan karakter morfologi. Penelitian ini menggunakan sampel ikan kerapu genus Epinephelus sebanyak 39 individu yang diambil dari perairan Lombok 12 individu, Karimunjawa 11 individu, Lampung 4 individu, Kendari, Madura, Numfor dan Tanakeke masing-masing 3 individu. Sampel dipreservasi kemudian dilanjutkan dengan proses ekstraksi, amplifikasi PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis di Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, IPB. Tahapan sekuensing selanjutnya dikirim ke Berkeley Sequencing Facility, USA dengan metode Sanger, didapatkan panjang sekuen semua sampel sebesar 526bp. Analisis data menggunakan program MEGA 6.0.5 dengan metode filogenetik Neighbor Joining (NJ) dan Maksimum Likelihood (ML), model evolusi Kimura 2-parameter dan replikasi bootstraps 1000x. Dari pohon filogeni terbentuk sebanyak tujuh clade. yaitu Epinephelus areolatus, Epinephelus merra, Epinephelus fasciatus, Epinephelus longispinis, Epinephelus coioides, Epinephelus ongus dan Epinephelus coeruleopunctatus. Selain itu, jarak genetik terdekat didapatkan adalah Epinephelus ongus dan Epinephelus coeruleopncstatus dengan jarak genetik 0.091 (9%) dan jarak genetik terjauh antara Epinephelus ongus dan Epinephelus merra dengan jarak genetik 0.178 (18%).