Implementasi Hybrid Parallelization pada Algoritme Global Pairwise Alignment.

Abstract

Algoritme pairwise alignment (PA) merupakan salah satu metode yang umum digunakan dalam penjajaran sekuens. PA terbagi menjadi 2 jenis yaitu global pairwise alignment (GPA) dan local pairwise alignment. Perkembangan teknologi yang semakin pesat menyebabkan ukuran data sekuens bertambah besar sehingga pemrosesan data tersebut akan memakan waktu yang sangat lama apabila hanya dikerjakan dalam satu prosesor. Oleh karena itu, suatu metode pemrosesan paralel dibutuhkan untuk mempersingkat waktu komputasi. Penelitian ini bertujuan mempercepat algoritme GPA menggunakan skema partisi data blocked columnwise dengan menggunakan metode hybrid parallelization. Hybrid parallelization dilakukan dengan menggabungkan metode sistem memori terdistribusi dengan sistem memori bersama. Hasil penelitian menunjukkan nilai speedup pada percobaan menggunakan 2, 3, dan 4 komputer masing-masing adalah 5.3, 6.9, dan 7.77 pada ukuran data 16000 pasang basa dan nilai efisiensi berturut-turut adalah 66%, 58%, dan 49%. Kinerja terbaik dicapai menggunakan 4 komputer, sedangkan skalabilitas memori terbaik diperoleh menggunakan 2 komputer.