DNA barcodes for marine biodiversity: determinasi dan identifikasi alga merah (rhodophyta) di pantai cipatujah, tasikmalaya melalui identifikasi molekuler DNA barcoding

Abstract

Keanekaragaman organisme laut sangat melimpah mengingat laut menyelimuti dunia sekitar lebih dari 70% bagian. Salah satu organisme laut yang banyak dimanfaatkan masyarakat adalah makro alga atau biasa dikenal dengan rumput laut. Beberapa jenis rumput laut yang bernilai ekonomis tinggi dan telah diusahakan adalah rumput laut merah (Rhodophyceae) dan rumput laut coklat (Phaeophyceae). Kapraun (2005) melaporkan bahwa alga merah atau Rhodophyta memiliki lebih dari 700 genus dan 6.000 spesies. Keanekaragaman alga merah (Rhodophyta) menurut Bouchet (2006) dan World Register of Marine Species mencapai 6.200 dan 6.302 spesies. Banyak penelitian-penelitian yang mengidentifikasi spesies makroalga melalui identifikasi non-molekuler seperti uji morfologi, fisiologi dan biokimia. Akan tetapi identifikasi non-molekuler ini sering menimbulkan masalah dalam aplikasinya karena morfologi dan anatominya yang relatif sederhana, hampir serupa antara satu dengan yang lainnya, dan adanya perubahan-perubahan yang dipengaruhi oleh perubahan lingkungan, serta pengamatannya pun harus memperhatikan umur tanaman, karena perubahan umur mempengaruhi perubahan morfologi. Hal ini menyebabkan perlu adanya identifikasi spesies secara molekuler. Klasifikasi alga merah berdasarkan data molekuler baru terbagi menjadi 2 subkelas: Bangiophycidae dengan 3-4 ordo dan Florideophycidae dengam 14 ordo. DNA barcoding merupakan sistem baru yang dirancang untuk mengidentifikasi spesies secara cepat dan akurat dengan menggunakan gene region pendek dan standar sebagai internal tag spesies sehingga DNA barcoding dapat menyebabkan sistem taksonomi Linneaus lebih mudah diakses dengan manfaat terhadap para ekologis, konservasionis dan peneliti-peneliti yang bertanggung jawab terhadap keberagaman hayati. Selain itu, DNA Barcode dapat pula mengungkapkan fenomena spesies cryptic, species sibling, keragaman yang belum terungkap, hubungan filogeni di antara takson yang berdekatan dan dapat digunakan pula untuk memantau asal usul suatu komoditas laut. Informasi hasil DNA barcode dapat menjadi sarana mudah dan cepat untuk determinasi spesimen yang belum diketahui jelas taksonominya, eksplorasi diagnosa dari unit konservasi, serta untuk melengkapi sistem identifikasi taksonomi. Penelitian ini dilakukan untuk mendeterminasi dan mengidentifikasi alga merah di Pantai Cipatujah, Tasikmalaya secara molekuler dengan menggunakan teknologi DNA barcoding. Tahapan yang dilakukan meliputi isolasi DNA, running isolat DNA, amplifikasi dengan cara PCR, running dan purifikasi hasil PCR serta identifikasi dengan teknologi DNA Barcoding.