Kloning dan Sequencing Gen Coat Protein Pepper vein yellow virus Penyebab Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel

Abstract

Pepper vein yellow virus (PeVYV) merupakan virus dengan kisaran inang terbatas pada cabai, namun untuk pertama kalinya dilaporkan menyebabkan penyakit daun merah (RLD) pada tanaman wortel di Jawa Barat. Gejala penyakit ini mirip dengan gejala infeksi Carrot motley dwarf yang diinduksi oleh spesies Polerovirus, yaitu Carrot red leaf virus. Tujuan dari penelitian ini adalah (1) untuk mengkloning gen coat protein (CP) virus ke dalam vektor plasmid untuk mempersiapkan antigen yang akan digunakan untuk produksi antiserum dan (2) untuk mengkonfirmasi bahwa virus yang terisolasi tersebut adalah PeVYV. Gen CP, berhasil disisipkan ke plasmid vektor pQE-30, sehingga dihasilkan fragmen DNA pQE-CP PeVYV. Kompeten sel Escherichia coli M15 (pREP) hasil transformasi berhasil ditumbuhkan pada media selektif yang mengandung ampicilin dan kanamicyn. Plasmid yang terdeteksi membawa gen CP berhasil diisolasi dari beberapa koloni bakteri yang tumbuh baik dengan teknik polymerase chain reaction maupun dengan penyisipan pada situs pemotongan BamHI dan PstI. Kloning gen CP ke dalam plasmid vektor telah berhasil dilakukan. Gen CP berhasil teramplifikasi hingga diperoleh panjang fragmen sebesar 650 bp, sesuai dengan gen CP Polerovirus yang telah dilaporkan di Genebank. Berdasarkan hasil analisis menggunakan Multiple alignment dengan software Crustal W, diperoleh tingkat homologi gen CP sebesar 98% dengan spesies PeVYV yang menginfeksi tanaman cabai di Bali. Hasil ini mengkonfirmasi bahwa RLD yang menginfeksi tanaman wortel berasosiasi dengan infeksi PeVYV, seperti laporan sebelumnya.