Alel Monomorfik Gen Osteopontin (OPN|BsrI) pada Sapi Bali dengan Metode PCR-RFLP

Abstract

Bali cattle as one of Indonesian animal genetic resources has advantages, one of which is its high reproductive ability. Osteopontin gene (OPN) is a member of POU class 1 homeobox 1 (POU1F1) related to reproductive traits. The aim of this research was to identify the existence of OPN gene polymorphisms in bali cattle at Bali Island using the PCR-RFLP method. A total of 100 bali cattle from BPTU bali cattle were identified using BsrI restriction enzyme that cuts the sequence of ACTGG|N bases. OPN gene amplification was performed with annealing temperature of 60 oC for 20 seconds resulting in a fragment with the length of 290 bp which is located at intron 4. The results of PCR-RFLP analysis indicated that the analyzed bali cattles which have monomorphic T allele was 100%. OPN gene fragment intron 4 sequences showed that there was a mutation between cytosine (C) base with thymine (T).

Bangsa sapi bali sebagai sumberdaya genetik ternak asli Indonesia memiliki keunggulan, salah satunya adalah daya reproduksi yang tinggi. Gen osteopontin (OPN) merupakan anggota dari alur POU class 1 homeobox 1 (POU1F1) yang berkaitan dengan sifat reproduksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi ada tidaknya polimorfisme gen osteopontin (OPN) sebagai pengontrol sifat reproduksi pada sapi bali di Pulau Bali dengan menggunakan metode PCR-RFLP. Sampel sapi bali sebanyak 100 sampel yang berasal dari BPTU sapi bali dideteksi keberadaan keragaman genetiknya pada gen OPN menggunakan enzim restriksi BsrI yang memotong sekuens basa ACTGG|N. Amplifikasi gen OPN menghasilkan fragmen dengan panjang 290 bp yang terletak pada intron 4 dengan suhu annealing 60 oC selama 20 detik. Hasil analisis PCR-RFLP menunjukkan sapi bali yang dianalisis memiliki alel monomorfik T adalah 100%. Hasil sekuens fragmen gen OPN intron 4 menunjukkan terdapat mutasi antara basa sitosin (C) dengan timin (T).