Identifikasi Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA Mitokondria pada Ayam Lokal Indonesia

Abstract

Characterization of local chicken breed is very important for determination of local chickens in Indonesia. Advance study is needed to determine the differences of Indonesian local chicken breeds. This study used gene COI mtDNA as a DNA barcoding to determine the taxonomy of local chickens in Indonesia. DNA extraction and amplification process were followed with DNA sequences of COI gene. The results of sequencing were analyzed using MEGA5. The sequence alignments result sequence lenght of 653 bp and 5 separated group of chickens, namely group 1 (bangkok, walik, arab golden, arab silver, hutan merah, kampung, pelung, gaga, kate, and broiler Cobb 1 and 2), group 2 (Lohman brown), group 3 (broiler Cobb), group 4 (leher gundul chicken 4), and group 5 (serama chicken). The study shows that the 653 bp partial conserved can not be used as a DNA barcode in local chickens. Advance study is needed to analyze the complete sequence of COI (1 550 bp).

Penentuan rumpun ayam lokal merupakan hal yang sangat penting untuk pengesahan ayam lokal di Indonesia. Diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan perbedaan dari rumpun ayam lokal Indonesia. Penelitian ini menggunakan gen COI DNA mitokondria sebagai DNA barcoding untuk menentukan taksonomi ayam lokal Indonesia. DNA hasil ekstraksi dilanjutkan pada proses amplifikasi dan sekuens DNA pada gen COI. Hasil dari sekuensing dianalisis menggunakan MEGA5. Setelah diurutkan didapatkan sekuens sepanjang 653 pb dan didapatkan 5 kelompok. Kelompok 1 yaitu bangkok, walik, arab golden, arab silver, hutan merah, kampung, pelung, gaga, kate, ayam pedaging strain Cobb 1 dan 2. Kelompok 2 yaitu ayam petelur strain Lohman brown. Kelompk 3 yaitu ayam pedaging strain Cobb, kelompok 4 ayam leher gundul 4 dan kelompok 5 ayam serama. Hasil analisis menunjukan bahwa pada parsial 653 pb gen COI merupakan daerah yang conserved sehingga tidak dapat membedakan antar ayam lokal. Diperlukan penelitian lanjutan untuk menganalisis sekuen komplit COI (1 550 pb).