Karakterisasi genetik sapi aceh dengan menggunakan DNA mikrosatelit

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi keragaman genetik dengan menggunakan DNA mikrosatelit yang berguna sebagai database dalam program pelestarian plasma nutfah sapi Aceh, pengembangan dan pemanfaatannya secara berkelanjutan . Pengumpulan sampel darah dari 160 ekor sapi Aceh di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam telah diambil masing-masing 40 Sampel dari Kota Banda Aceh, Kabupaten Aceh Besar, Pidie dan Aceh Utara. Sampel pembanding telah diambil 10 sampel sapi Bali (Pulau Bali), dua sampel masing-masing sapi Madura (Pulau Madura), PO (Jawa Barat) dan Pesisir (Sumatera Barat). Enambelas lokus digunakan untuk genotiping mikrosatelit. Data ukuran-ukuran alel mikrosatelit dianalisis dengan menggunakan program Minitab 14.13, Mega4 dan Arlequin 3.11 serta perangkat lunak Excel. Hasil analisis alel-alel mikrosatelit menunjukkan bahwa rataan jumlah alel setiap lokus adalah 10,25 ± 2,07. Persentase heterozigositas sapi Aceh lebih tinggi dibandingkan sapi Bali, tetapi lebih rendah dibandingkan dengan sapi Madura, PO dan Pesisir. Berdasarkan analisis alel mikrosatelit, pohon filogeni menunjukkan sapi Aceh satu klaster dengan sapi PO dan membentuk percabangan pohon filogeni dengan sapi Pesisir dan Madura.