Genetic variability analysis of pineapple (Ananas comosus (L). Merr) based on morphological and moleculer marker (RAPD)

Abstract

In order to reveal the phylogenetic relationship among genotypes of pineapple in PKBT collection, 32 accessions were analyzed using morphological markers with 116 distinguishing characteristics and RAPD markers with 10 primers that formed 50 profiles of DNA bands with 47 polymorphic bands and 3 bands monomorphic. Cluster analysis results on 32 accessions using morphological markers revealed three groups with the cut at the level of similarity of 0.63, whereas at 53 accessions formed three groups with the level of similarity of 0.50. RAPD formed 3 groups with diverse levels of 0.66 and a marker combined data formed three groups with the cut at the level of similiarity of 0.61. The result of alignment analysis showed that morphological markers on 32 accessions have the appropriate r value of 0.80271 whereas at 53 accessions obtained the appropriate value 0.81392. whereas RAPD has the appropriate value of r 0.87144 and the combined data had a value of r less appropriate is 0.75761.

Keragaman genetik nenas pada kebun koleksi PKBT dapat diungkap melalui analisis morfologi dan molekuler. Penanda yang dapat digunakan untuk mengetahui keragaman genetik nenas adalah RAPD ( Random Amplified Polymorphic DNA). RAPD merupakan teknik yang lebih cepat dan mudah dilakukan karena tidak perlu diketahui sekuen DNA sebelumnya dan material tanaman yang dibutuhkan lebih sedikit. Penelitian ini bertujuan menganalisis dan mengevaluasi keragaman aksesi nenas berdasarkan penanda morfologi dan genetik serta mengetahui keragaman genetik nenas berdasarkan penanda morfologi dan penanda RAPD koleksi Pusat Kajian Buah-buahan Tropika (PKBT) Keragaman morfologi dapat diamati pada penanda morfologi sebanyak 31 karakter meliputi organ : (1) daun yaitu 15 karakter, (2) buah yaitu 16 karakter dan diperoleh 116 karakter pembeda. Hasil analisis pengelompokan diperoleh sebanyak 3 kelompok pada tingkat kemiripan 0.62 yaitu (1) grup A meliputi C-KAS, SC-JPG, C-LMPG1, C-LMPG3, SC-SMDG, Q-KTM1, Q-KTM2, QOGIL, Q-RIAU, QH-BBEL, Q-BLI, QC-P18, QC-AZRI, QC-V49, C-RNIS, QCP5/ 12, CNN, C-SMUT2, QC-P10, SC-WNSBO, C-FLPN, QC-III, QC-P14 (2) grup B meliputi C-SMUT, C-BNHYU, SC-NAD, C-SMDU, SC-SMUT3, SC-PRBA dan (3) grup C meliputi C-MNDO, C-PAK, SC-DSBG. Analisis molekuler terhadap 32 aksesi menghasilkan 50 pita yaitu 47 pita polimorfik (98%) dan pita monomorfik sebanyak 3 pita (2%). Hasil analisis pengelompokan skor pita DNA dengan menggunakan program NTSYS, diperoleh 3 grup pada koefisien kemiripan 0.66 yaitu (1) grup A meliputi C-KAS, C-SMUT, C-PAK, QC-V49, Q-KTM2, C-LMPG3, C-SMUT2, C-SMDU, Q-RIAU, QC-AZRI, C-BNHYU, C-FLPN, Q-KTM1, Q-BLI, Q-MNDO, C-LMPG1, QC-P14, (2) grup B meliputi QC-P5/12, QC-P10, QC-III, C-DSBG, SC-SMUT3,QC-P18, Q-OGIL, SC-NAD, SC-PRBA, C-RNIS, SC-SMDG, SC-WNSBO, SC-JPG dan (3) grup 3 meliputi CNN. Penggabungan data penanda morfologi dan penanda molekuler memberikan informasi secara fenotipik dan genotipik. Karakter yang digunakan adalah penggabungan 31 karakter morfologi dan 10 primer yang menghasilkan 50 pita, sehingga total gabungan karakter adalah 81. Hasil analisis dengan menggunakan program NTSYS pada koefisien kemiripan 0.61, diperoleh dendrogram membentuk 3 grup, yaitu (1) grup A meliputi C-KAS, C-SMUT, CPAK, C-BNHYU, C-SMDU, C-FLPN, QC-III, C-DSBG, Q-KTM1, Q-KTM2, CLMPG3, C-SMUT2, Q-RIAU, Q-BLI, QC-V49, QC-AZRI, C-LMPG1, C-RNIS, QH-BBEL, Q-OGIL, QC-P18, QC-P10, QC-P5/12, CNN, SC-SMDG, SC-JPG, SC-WNSBO, QC-P14 (2) grup B meliputi Q-MNDO, SC-NAD, SC-PRBA dan (3) grup D meliputi SC-SMUT.