Deteksi integritas genomik pisang hasil iradiasi in vitro berdasarkan penanda mikrosatelit

Abstract

Penelitian ini bertujuan mendeteksi integritas genomik pisang hasil iradiasi in vitro berdasarkan penanda mikrosatelit. Kajian integritas genomik ini dilakukan pada pisang Mas yang telah diiradiasi dengan sinar gamma 15 Gy. DNA inti diisolasi dari setiap aksesi mengikuti metode Dixie, diamplifikasi dengan Perkin Elmer Gene Ampl PCR 2400 menggunakan sepuluh primer, kemudian dielektroforesis pada gel agarose 1%. Terakhir dilakukan elektroforesis pada gel poliakrilamid secara vertikal, dan pewarnaan silver untuk visualisasi alel yang muncul. Hasilnya menunjukkan bahwa diantara sepuluh primer yang dipakai, delapan diantaranya menghasilkan pita-pita yang jelas, konstan, dan dapat diulang. Jumlah pita bervariasi, dari satu sampai dua, mengikuti tingkatan ploidi pisang Mas berupa diploid AA. Jumlah satu pita menunjukkan alel homozigot, sedangkan jika jumlah pitanya dua, menunjukkan alel heterozigot. Diantara delapan primer yang menunjukkan hasil yang jelas tersebut, enam diantaranya menghasilkan pita-pita yang berbeda diantara tanaman hasil iradiasi, kultur in vitro, dan kontrol, sedangkan pada dua primer lainnya menunjukkan alel yang sama untuk semua aksesi yang diuji. Perubahan genomik terlihat pada semua tanaman hasil iradiasi yang nampak mempunyai pita yang berbeda jumlah dan ukurannya dibandingkan dengan tanaman kontrol. Perubahan dapat terjadi pada zigositas alel tertentu, misalnya dari heterozigot ke homozigot atau sebaliknya. Perubahan alel menunjukkan adanya ketidakstabilan genomik yang dapat timbul akibat berbagai peristiwa seperti delesi, insersi, dan amplifikasi nukleotida.