Keragaman genetik Bacillus sp. Rizobakteri pemacu pertumbuhan tanaman berdasarkan sekuen gen 16S rRNA dan amplified rDNA restriction analysis

Abstract

Sebelas isolat Bacillus sp. rizobakteri pemacu pertumbuhan tanaman telah berhasil diketahui keragaman genetiknya melalui metode sekuens gen 16s rRNA dan ARDRA. Hasil BlastN menunjukkan bahwa tidak terdapat dominansi spesies Bacillus sp. yang digunakan. Penggunaan empat enzim restriksi yaitu HaeIII, CfrI, dan Hinfl telah berhasil menunjukkan keragaman genetik pada Bacillus sp. Penggunaan enzim restriksi RsaI menunjukkan keseragaman pada semua isolat. Hasil dari ARDRA terdiri atas filotipe yaitu Filotipe I (Bacillus sp. Cr24, Cr33, Cr64, dan Cr68), filotipe I1 (Bacillus ps. '2131 dan Cr66), filotipe 111 (Bacillus sp. Cr44 dan Cr71), dan filotipe IV (Bacillus sp. Cr67, Cr 28, dan Cr69) yang dibuat pohon filogenetiknya dengan metode neighbor-joining menggunakan program Treecon 1.3b. Hasil filogenetik menggunakan sekuens gen 16s rRNA juga menunjukkan kekerabatan antar spesies yang digunakan. ARDRA dapat digunakan untuk melihat keragaman spesies berdasarkan situs pemotongannya.