Analisis keragaman genetik bakteri termofilik dari kawah candradimuka, pegunungan dieng dengan teknik PCR-RFLP Gen 16S-rRNA

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengekstraksi DNA dari lumpur dan air kawah Candradimuka, pegunungan Dieng, mengklon gen 16S-rRNA dan menentukan keragaman bakteri termofilik yang ada di habitat ini dengan melihat profil RFLP menggunakan enzim endonuklease restriksi Rsal dan Hhal. Gen 16S-rRNA dari total DNA genom yang diisolasi dari kawah Candradimuka diamplifikasi dengan menggunakan pasangan primer spesifik untuk bakteri yaitu 63f dan 1387r. Total DNA genom diperoleh dari lumpur dan air kawah Candradimuka yang memiliki temperatur 88°C dan pH 7. Produk PCR kemudian diklon pada vektor pCR 2.1-TOPO (3.9 kb) dan ditransformasikan ke dalam Escherichia coli TOP10. Analisis RFLP gen 16S-rRNA dilakukan dengan memotong gen tersebut dengan 2 macam enzim endonuklease restriksi yang tetramerik yaitu Rsal dan Hhal. Kedua macam enzim ini masing-masing menghasilkan 10 dan 9 macam profil RFLP atau OTU (Operational Taxonomic Units). Rsal ternyata lebih diskriminatif dalam membedakan klon-klon transforman yang diperoleh dibandingkan dengan Hhal. Dari RFLP-Rsal diperoleh 2 OTU yang memiliki anggota klon terbanyak yaitu OTU 7 (6 klon) dan OTU 3 (5 klon). Distribusi klon gen 16S-rRNA ini dapat mengindikasikan distribusi relatif jenis bakteri termofilik di kawah Candradimuka. Analisis keragaman genetik pada tingkat DNA seperti penelitian ini dapat mewakili kelompok bakteri yang dapat dikulturkan maupun yang belum dapat dikulturkan.