Cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene variations in mitochondrial DNA of Apis koschevnikovi in South Kalimantan

Abstract

Deforestasi di hutan Kalimantan yang berupa pembalakan dan konversi hutan menjadi perkebunan kelapa sawit menghancurkan habitat organisme dan ekosistem. Kondisi ini merupakan ancaman yang serius terhadap spesies asli yang berasal dari Kalimantan, termasuk Apis koschevnikovi (Hymenoptera; Apidae). Penelitian-penelitian sebelumnya menunjukkan kecendrungan populasi A. koschevnikovi yang terus menurun. Memelihara integritas ekologi A. koschevnikovi sangat diperlukan, termasuk database molekulernya. Sitokrom Oksidase subunit I (COI) di DNA mitokondria (DNAmt) dapat membantu dengan menyediakan penanda molekuler dengan teknologi berbasis DNA barcoding. Saat ini, telah ditemukan sebanyak 15 jenis haplotipe gen COI dari A. koschevnikovi yang telah dipublikasikan di Genbank. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui variasi genetik dari A. koschevnikovi Kalimantan Selatan berdasarkan gen COI dengan menggunakan metode sekuensing DNA. Contoh yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari 5 kabupaten di Kalimantan Selatan; Hulu Sungai Selatan (HSS), Hulu Sungai Tengah (HST), Kotabaru (KB), Tanah Bumbu (TB), and Balangan (BL). Pengurutan nukleotida dari contoh yang digunakan menghasilkan panjang nukleotida sebanyak 738 bp, dan sebanyak 5 haplotipe dari nukleotida telah ditemukan. Haplotipe umum ditemukan dari contoh yang berasal dari Kabupaten HST dan TB. Hasil pengurutan dari contoh ini tidak menunjukkan kesamaan dengan 15 haplotipe dari Genebank, sehingga 5 haplotipe yang ditemukan dalam penelitian ini dapat disimpulkan sebagai haplotipe baru