Identifikasi dan Karakterisasi Fragmen DNA Genom yang Terlibat dalam Biosintesis Antifungi pada Bacillus sp

Abstract

Bacillus merupakan salah satu genus bakteri yang dikenal sebagai penghasil antifungi. Empat isolat Bacillus asal tanah yaitu Cr 24, Cr 64, Cr 66, dan Cr 68 yang digunakan dalam penelitian ini memiliki karakter pemacu pertumbuhan tanaman dan mampu menghambat pertumbuhan fungi patogen Fusarium oxysporum dan/atau Rhizoctonia solani. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi gen penyandi antifungi zwittermicin A, bacilysocin, surfactin, dan iturin A pada Bacillus sp. dengan polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan telah dilaporkan sebelumnya dapat mengamplifikasi bagian gen-gen antifungi. Bagian gen resistensi antifungi zwittermicin A (zmaR) berukuran 951 pb dengan kandungan GC sebesar 34,78% berhasil diidentifikasi pada genom Cr 64. Fragmen genom Cr 64 tersebut memiliki homologi dengan gen zmaR (1128 pb) pada Bacillus cereus UW85 dengan tingkat kesamaan 98%. Gen zmaR merupakan bagian dari kelompok gen biosintesis zwittermicin A, sehingga diduga isolat Cr 64 berpotensi memiliki keseluruhan kelompok gen yang menyandikan antifungi zwittermicin A. Fragmen gen penyandi antifungi bacilysocin, surfactin, dan iturin A belum dapat diperoleh dari keempat isolat dengan pasangan primer yang digunakan dalam penelitian ini. Genom isolat Bacillus yang telah dilaporkan memiliki gen antifungi perlu digunakan sebagai kontrol untuk memastikan ketepatan kondisi PCR.