Variasi Gen lrRNA Lebah Madu Apis cerana di Lombok, Sumbawa, dan Flores

Abstract

Lebah madu Apis cerana merupakan lebah lokal Asia dengan persebaran yang sangat luas. Belum lengkapnya data genetika A. cerana menjadi dasar utama penelitian ini. Tujuan penelitian ini untuk mempelajari variasi genetika A. cerana berdasarkan lrRNA/DraI dan analisis filogenetik antara A. cerana di Indonesia dan Thailand. Koleksi A. c. indica dilakukan di Lombok, Sumbawa, dan Flores. Analisis homologi dilakukan dengan A. cerana dari Thailand (AF140508; AF140509; dan AF140511), serta haplotipe A. cerana dari Pati dan Lombok (AcPt1 dan AcLb4). Jumlah koloni yang diperoleh masing-masing 22, 3, dan 4 koloni untuk Lombok, Sumbawa, dan Flores. Ukuran nukleotida gen lrRNA yang diamplifikasi berkisar antara 625-629 pb dengan basa AT sekitar 88.90%. Berdasarkan analisis lrRNA/DraI, ditemukan dua haplotipe yaitu haplotipe A dan C. Persentase haplotipe A sebesar 72.72, 100, dan 50%, berturut-turut untuk populasi A. c. indica di Lombok, Sumbawa, dan Flores. Persentase haplotipe C sebesar 27.28 dan 50% untuk A. c. indica di Lombok dan Flores. Analisis filogenetik berdasarkan gen lrRNA menggunakan Maximum Parsimony menunjukkan bahwa populasi lebah di Thailand membentuk kelompok yang terpisah dengan A. cerana di Indonesia. Jarak genetik terbesar (3.53%) terjadi antara AF140508 dan AcLb4. Sedangkan nilai jarak genetik terkecil (0.00%) terjadi antara AcPt1 dan AcSbw5. Nilai transisi/transversi (ts/tv) >1 adalah 66.67% dan ts/tv <1 adalah 26.67%.