Gambaran Restriction Fragment Length Polymorphism (Rflp)Gen Sitokrom B DNA Mitokondria Dari Sembilan Spesies Ikan Air Tawar Konsumsi

Abstract

Penelitianinibertujuanuntukmengetahui datadasarfragmenrestriksi dari sembilanspesiesikanairtawarberdasarkanvariasigenetikyangterdapatpada daerahsitokrom bDNAmitokodriamelaluimetode PolymeraseChainReaction- RestrictionFragmentLengthPolymorphism (PCR-RFLP). Jenissampel yang digunakan berupajaringan ikan. Sebagaimediatransport danpreservasi ,sampel disimpandalamNaCl 4,5M yangmengandungDMSO 25%. EkstraksiDNA mitokondriadarijaringanmenggunakanmetodepresipitasiamoniumasetat, dilanjutkandenganamplifikasifragmenDNAmitokondriamelaluimetodePCR menggunakanprimeruniversalsitokrombL14841/H15149.Amplikonyang diperolehdarimetodePCR,selanjutnyadipotongdenganenzimrestriksi. PemotonganfragmenDNAmetodeRFLPmenggunakanenzimrestriksi endonuklease HinfI dan RsaI masing-masingselama2jamdan6jam. PemeriksaanfragmenDNAdenganelektroforesisgelagarose2%,laludilanjutkan analisishasilpenghitunganukuranfragmenrestriksidarisetiapspesiesdengan mengukurjarakantaramigrasiDNAsampeldenganmigrasiDNAladder.Hasil penelitianmenunjukkanbahwaPCRmenggunakanprimeruniversalsitokromb darikesembilanspesies ikandidapatkanamplikonsitokrombberukuran359 pasangbasa(pb).Amplikonsitokrombdarikesembilanspesiesikanmemiliki situsrestriksi HinfI danatau RsaI,kecualiamplikonsitokrombikansepat. Terdapatperbedaanukuranfragmenrestriksi(RFLP) hasilpemotonganbaik denganenzim HinfI maupun RsaI kecualipadaamplikonsitokrombikanpatin. Hasilpenelitianinidapatdisimpulkanbahwa metodePCRmenggunakanprimer universalsitokrombsertapemotonganfragmendenganenzimrestriksi HinfI dan RSAI dapatdigunakanuntukmengenali kesembilanspesiesikanairtawar. Katakunci:ikanairtawar,sitokromb,PCR,RFLP