Analisis Keragaman Genetik Labi-labi (Amyda cartilaginea) Berdasarkan Genom Mitondria

Abstract

Amyda cartilaginea termasuk ke dalam Ordo Testudinata, Subordo Cryptodira dan Famili Trionychidae. Amyda cartilaginea dilaporkan telah mengalami penurunan populasi yang diakibatkan oleh pengaruh manusia dan lingkungan. Oleh sebab itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui keragaman genetik spesies tersebut dengan menggunakan penanda DNA melalui pendekatan teknik Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphisms (PCR -RFLP). Teknik tersebut dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik mtDNA dengan menggunakan sepasang primer 577 dan 578. Daerah yang diamplifikasi ialah daerah pengontrol yang diapit oleh gen tRNA Pro dan tRNA Phe berdasarkan runutan acuan Dogania subplana. Produk amplifikasi yang dihasilkan sebesar 500 pasang basa dan 710 pasang basa. Produk tersebut dipotong dengan menggunakan lima macam enzim restriksi yaitu, Hhal (GCGC), HaellI(GG CC), Alul (AGICT), Mbol (ĮGATC), dan Dral (TTTIAAA). Dari 39 sampel yang dianalisis ditemukan 12 haplotipe. Haplotipe 2 menyebar pada beberapa wilayah sedangkan haplotipe lain menyebar pada sampel dengan wilayah tertentu saja. Dari 12 haplotipe diperoleh keragaman nukleotida total A. cartilaginea sebesar 6.1%.