Keragaman Genetik Sapi Peranakan Ongole (PO) Berdasarkan Sekuen Lengkap D-Loop DNA Mitokondria

Abstract

Penelitian ini bertujuan menganalisis komposisi nukleotida, jarak genetik, dan filogenetik sapi pejantan peranakan ongole (PO) dengan sekuen lengkap D-loop bangsa sapi di GenBank. Sampel darah yang digunakan dalam penelitian ini adalah lima ekor sapi pejantan PO yang berasal dari BBIB Singosari, Malang, Jawa Timur dan dianalisis dengan beberapa tahapan, yaitu ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan sekuensing produk PCR. Beberapa referensi sekuen D-loop bangsa sapi lain diunduh dari GenBank sebagai pembanding. Hasil sekuensing dianalisis untuk memahami hubungan kekerabatan antara individu sapi PO yang diteliti menggunakan perangkat lunak FinchTV v1.4.0, BioEdit v7.2.5 dan MEGA v11.0.13. Variabel yang diamati yaitu komposisi basa nukleotida, jarak genetik, dan pohon filogeni. Hasil penelitian menunjukkan sekuen lengkap D-loop mtDNA sapi PO dan sapi bali sebagai pembanding berhasil diperoleh dengan panjang 925 bp. Sapi PO memiliki jarak genetik yang dekat dengan sapi bali dibanding bangsa sapi lainnya. Hasil ini mengindikasikan bahwa meskipun sapi PO berpenampilan seperti sapi Bos indicus, diduga memiliki riwayat garis keturunan maternal dari banteng (Bos javanicus).