Analisis keragaman genetik labi-labi, dogania Subpkma (Testudines: trionychidae), melalui teknik PCR-RFLP

Abstract

Saat ini telah terjadi penurunan populasi labi-labi yang sebagian besar diakibatkan adanya perburuan liar dan kerusakan lingkungan. Melihat hal itu diperlukan suatu langkah untuk mengumpulkan berbagai informasi biologi labi-labi. Salah satu caranya adalah dengan melakukan anal isis molekular sebelum berbagai informasi lainnya diungkapkan. Penanda molekular genetik yang sering digunakan dalam analisis molekular adalah daerah pengendali (d-loop) genom mitokondria menggunakan teknik PCR-RFLP. Bagian yang paling stabil dari daerah pengendali mtDNA diamplifikasi secara in vitro dengan pasangan primer 577 dan 578. Produk PCR dipotong dengan lima macam enzim restriksi, yaitu Alu I, Hsp92 II, Hha I, Hpa II dan Rsa I yang menghasilkan tujuh haplotipe. Keragaman nukleotida antara haplotipe yang ditemukan di Jawa dan Sumatera (interlokasi) adalah 12.11 %. Angka itu jauh lebih besar dibanding keragaman nukleotida antar haplotipe di dalam Sumatera maupun Jawa (intralokasi) yang berturut-turut adalah 6.5% dan 3%.