Analisis Komparatif Sekuen Genom Total Bakteri Bacillus cereus DCN1 dan Deteksi Klaster Gen untuk Sintesis Metabolit Sekunder-nya

Abstract

Bakteri endofit Bacillus cereus DCN1 asal tanaman cengkeh (Syzygium aromaticum L.), memiliki potensi menghasilkan berbagai senyawa metabolit sekunder, termasuk antioksidan. Pengetahuan genomik B. cereus DCN1 membantu dalam analisis sintesis antioksidan. Penelitian ini bertujuan mendeteksi klaster ortolog melalui analisis komparatif dan klaster gen sintesis metabolit sekunder dari sekuen genom total B. cereus DCN1. Sekuen genom total isolat DCN1 diperoleh melalui teknik Whole Genome Sequencing (WGS) menggunakan platform MGI DNBSEQ-G400. Hasil WGS menunjukkan kualitas yang baik dengan depth of coverage sebesar 30x, number of contigs sebanyak 774, dan nilai N50 sebesar 24 kb. Nilai Q20 sebesar 97,55% dan Q30 sebesar 92,75% menunjukkan tingkat kesalahan rendah dan kualitas sekuen yang tinggi. Analisis data menggunakan Orthovenn3 mengidentifikasi 2003 klaster ortolog diantara lima spesies bakteri endofit genus Bacillus, serta mendeteksi adanya perubahan materi genetik akibat simbiosis dengan tanaman inang. B. cereus DCN1 ditemukan memiliki 8 klaster gen biosintesis metabolit sekunder, yaitu Nonribosomal Peptide Synthetases (NRPS), Linear Azo(line) Containing Peptides (LAP), NI-siderophore, NRP-metallophore, batalactone, 2 Ribosomally Synthesized and Posttranslationally Modified Peptides (RiPP), dan terpene yang berpotensi menghasilkan senyawa bioaktif.